معلومة

تنبؤ بنية البروتين باستخدام PSSM؟ أم لا؟

تنبؤ بنية البروتين باستخدام PSSM؟ أم لا؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لقد كنت أدرس خوارزميات التنبؤ ببنية البروتين. يستخدم الكثير من الأعمال الحديثة شيئًا يسمى PSSM ، مصفوفة التسجيل الخاصة بالموقع.

أعتقد أن ما يفعله PSSM هو بناء مصفوفة ثنائية الأبعاد لجميع أزواج البقايا المحتملة في البروتين ، ثم تحديد مدى احتمالية تحور البقايا معًا. يعد التطور المشترك لموقفين بعيدين عن بعضهما البعض في التسلسل الأساسي مؤشرًا على أنهما على اتصال. عندما تتغير إحدى البقايا في زوج التلامس ، يؤدي ذلك إلى زعزعة استقرار البروتين بشكل عام ، وتكون البقايا الأخرى في الزوج تحت ضغط انتقائي للتعويض. يمنحك معرفة ذلك بداية جيدة في بناء خريطة اتصال البروتين.

هل لدي هذا الحق؟

إذا كان هذا صحيحًا ، فإن تقنية التنبؤ ببنية البروتين تعتمد على وجود العديد من الأمثلة على البروتينات في عائلة متجانسة. أنت بحاجة إلى الطبيعة للقيام بالكثير من أخذ العينات من أجلك. وتحتاج إلى استخلاص أعداد هائلة من المتماثلات من مشاريع علم الجينوم. لقد قرأت أن إنشاء محاذاة تسلسل متعددة لعمل PSSM أمر مكثف من الناحية الحسابية. إذا فهمت العملية بشكل صحيح ، يمكنني معرفة السبب.

سؤالي الرئيسي هو: ما الذي يمكن أن تفعله نماذج التنبؤ ببنية البروتين المبنية باستخدام PSSM ، عندما لا يكون هناك PSSM؟

على سبيل المثال ، بروتين Top7 عبارة عن طية بروتينية جديدة تمامًا لا تحتوي على أي متماثلات في الطبيعة. تم إنشاؤه في عام 2003 باستخدام برنامج RosettaDesign. خوارزميات Rosetta للتنبؤ ببنية البروتين تسبق PSSM على حد علمي. بعد ستة عشر عامًا ، هناك ستة أنواع مختلفة من Top7 ، تم صنعها جميعًا في المختبر. لا يبدو هذا كأنه بيانات كافية لـ PSSM صالح إحصائيًا ، وعلى أي حال ، لم يتم اختيار المتغيرات بشكل طبيعي.

إذا لم يكن لديك PSSM ، فهل من الممكن إدخال التسلسل الخاص بك في نموذج يتوقعه؟

شكرا لمساهمتك.


أعتقد أنك تصنع نماذج PSSM لتكون أكثر تعقيدًا مما هي عليه بالفعل.

إن PSSM هو مجرد مصفوفة تسجيل - فهو يعطي درجات خاصة بالموقع لكل بقايا في موقع معين.

لا يوجد اقتران واضح للمخلفات المتفاعلة على الرغم من أن هذا يبدو وكأنه أسلوب مثير للاهتمام ...

يمكنك معرفة المزيد عن PSSM من العديد من المصادر على المعلوماتية الحيوية بما في ذلك NCBI.


شاهد الفيديو: حول جسدك لقاطرة عضلات بشرية بدون ادوية هرمونية وبالمكملات الغذائية فقط (أغسطس 2022).