معلومة

موارد جميع المسارات البيوكيميائية المعروفة؟

موارد جميع المسارات البيوكيميائية المعروفة؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا أبحث عن موسوعة أو أطلس للمسار البيوكيميائي لجميع المسارات المعروفة أو المبلغ عنها. أنا مهتم جدًا ببيولوجيا الشبكات والأنظمة. كما يمكن أن تكون المراجع قواعد بيانات مفتوحة أو كتبًا أو أيا كان. تعرفت على موقع يسمى wikipathways ، لكنه لم يفتح لي.


يمكنك العثور على مسارات كيميائية حيوية على مسار KEGG على سبيل المثال.

KEGG PATHWAY عبارة عن مجموعة من خرائط المسار المرسومة يدويًا والتي تمثل معرفتنا بشبكات التفاعل والتفاعل الجزيئي من أجل: 1. الأيض العالمي / نظرة عامة طاقة الكربوهيدرات الليبيد النوكليوتيد الأحماض الأمينية الأمينية الأخرى Glycan Cofactor / فيتامين تيربينويد / PK مستقلب ثانوي آخر Xenobiotics تركيبة كيميائية 2 . معالجة المعلومات الجينية 3. معالجة المعلومات البيئية 4. العمليات الخلوية 5. الأنظمة العضوية 6. الأمراض البشرية وكذلك على العلاقات الهيكلية (خرائط هيكل عقار KEGG) في: 7. تطوير الأدوية

لتوضيح المعلومات التي يمكنك العثور عليها هناك ، إليك لقطة شاشة:

إذا نقرت على kegg atlas ، فستحصل على أطلس يحتوي على جميع مسارات التمثيل الغذائي. يمكنك التكبير للحصول على تفاصيل رائعة بالضغط لمزيد من الروابط.

إذا نقرت على تحلل السكر أو الفسفرة المؤكسدة على سبيل المثال ، فسيتم ربطك بالصفحة التالية (انظر الصورة). في هذه المخططات التفصيلية لمسار التمثيل الغذائي ، يمكن النقر فوق كل وسيط ، مما يؤدي إلى صفحة أكثر تفصيلاً.


كتاب مدرسي عبر الإنترنت لتحليل المسار: توفر مهام سير العمل إرشادات خطوة بخطوة لأدوات تحليل المسار للتعمق في المفاهيم.

كتاب تحليل المسار على الإنترنت.

تم إعداد البيانات في مجموعة متنوعة من التنسيقات بما في ذلك تبادل المسار البيولوجي (BioPAX) وتنسيق التفاعل البسيط (sif) وكقاعدة بيانات مجموعة الجينات (gmt). متاح لكل مصدر بيانات.

البيانات معدة في عدة صيغ.

استخدم "بحث" في قاعدة بيانات BioPAX ذات النص الكامل "الحصول على" كائن بواسطة URI "Graph" لتحديد الاتصالات والأحياء المجاورة للعناصر باستخدام "Traverse" للوصول إلى قاعدة البيانات مثل XPath.

البيانات معدة في عدة صيغ.

قم بتشغيل الجوار السريع والدفق المشترك وما إلى ذلك.

البيانات بتنسيق النص (SIF الممتد).


خلفية

تتكون طفيليات البروتوزوان من مجموعة شديدة التباين من حقيقيات النوى التي تسبب مجموعة من الأمراض الموهنة للبشر ، بما في ذلك الملاريا وداء الليشمانيات ومرض النوم الأفريقي ومرض شاغاس. الليشمانيا النيابة. هي الطفيليات التي تنتقل عن طريق ذبابة الرمل (عائلة المثقبيات) وهي العامل المسبب لمرض الليشمانيات. يشير داء الليشمانيات إلى مجموعة من الأمراض تتراوح من الآفات الجلدية ذاتية الشفاء إلى التهابات الجلد المخاطية الجلدية الموهنة والقاتلة الحشوية. تشير التقديرات إلى أن أكثر من 12 مليون شخص يعانون من داء الليشمانيات النشط ، وأن 350 مليون شخص معرضون للخطر الليشمانيا أهم مرض طفيلي بعد الملاريا (منظمة الصحة العالمية). لا توجد لقاحات ضد داء الليشمانيات توجد سمية عالية وتكلفة العلاجات الحالية ويشير ظهور سلالات طفيليات مقاومة للأدوية إلى الحاجة الملحة لأهداف دوائية جديدة.

فهم مفصل لـ الليشمانيا سوف يفتح التمثيل الغذائي طرقًا جديدة لتطوير عقاقير جديدة ، ويؤدي أيضًا إلى فهم أكبر لكيفية تكيف هذه الطفيليات مع بيئات المغذيات في مضيفات ذبابة الرمل والثدييات. على سبيل المثال ، فإن مراحل بروماستيجوت السوطية للطفيلي التي تتطور في الجهاز الهضمي لناقل ذبابة الرمل تحصل على العناصر الغذائية من وجبة الدم الغنية بالسكر وعصارة النباتات التي تتغذى عليها ذبابة الرمل [1]. في المقابل ، تتطور مراحل amastigote المعدية للثدييات داخل بيئة فقيرة بالسكر في بلعم البلعمة وبعض الخلايا البلعمية الأخرى وقد تستغل مجموعة متنوعة من مصادر الكربون الأخرى [2 ​​، 3]. التسلسل الأخير لجينومات الثلاثة الليشمانيا محيط (L. الكبرى, L. infantum, L. braziliensis) قدمت المخططات الأولى للإمكانات الأيضية لهذه الطفيليات [4-6]. في الآونة الأخيرة ، تم استخدام نهج الأنظمة لإنشاء شبكة التمثيل الغذائي لـ L. الكبرى يجهد فريدلين ويضع تنبؤات حول الجينات الأساسية وقوة المسار [7]. ومع ذلك ، فإن أكثر من 65٪ من سلاسل ترميز البروتين في الليشمانيا لا يمكن بعد تعيين وظيفة للجينوم بناءً على عمليات البحث عن التماثل ، وبالتالي فمن المحتمل أن يكون ذلك في السيليكو ستحتاج النماذج إلى تحسين كبير مع تحديد مسارات التمثيل الغذائي الجديدة.

قاعدة البيانات الرئيسية لـ الليشمانيا البيانات الجينومية هي مورد جينوم جيندب ، الذي أنشأه معهد سانجر [8-10] ، وقريبًا يمكن الوصول إليه عبر مورد قاعدة بيانات مسببات الأمراض حقيقية النواة (EuPathDB). تم تطوير GeneDB في البداية لتخزين البيانات الجينومية لـ T. بروسي, L. الكبرى، و S. بومبي، وتم توسيعها لاحقًا لتشمل البيانات المنسقة لعدد من الكائنات الحية الأخرى ، بما في ذلك البكتيريا والفطريات والأوليات [9 ، 10]. يسمح GeneDB بالعثور على الجينات وتنبؤات ميزات البروتين وعمليات البحث في قواعد البيانات المخصصة ومجال البروتين / العائلات. يوفر عددًا من الأدوات المفيدة للاستعلام عن البيانات الجينومية ، بما في ذلك عمليات البحث بالنص العادي ، وبحث بلاست ، والتعبيرات العادية التي تم تمكين عمليات البحث فيها ، وتصفح AmiGO للجينات [10]. على الرغم من أن GeneDB هو مورد مهم لـ الليشمانيا المجتمع ، فإنه لا يدمج البيانات الجينومية في شبكات الكيمياء الحيوية [8-10]. تدمج موسوعة كيوتو للجينات والجينوم (KEGG) المعلومات الجينومية والكيميائية والوظيفية لعدد من الكائنات الحية [11 ، 12]. يحتوي الإصدار 48.0 من KEGG على 91648 مسارًا مرجعيًا ، ومعلومات جينومية من 100 حقيقيات النوى ، و 709 بكتيريا ، و 52 عتائق. في حين أن هذا النهج من أعلى إلى أسفل يسهل تكامل جميع المعلومات المتاحة والفحص البصري السهل للمسارات في الكائنات الحية المختلفة ، فإن الافتقار إلى تخصص الكائن الحي غالبًا ما يعني أنه بالنسبة للكائنات الأكثر غموضًا ، لا يمكن الوصول بسهولة إلى معلومات محددة ، وفي بعض الحالات ، لا يتم تضمينها. تم اتباع نهج مختلف من خلال مشروع BioCyc [13] ، والذي تم بناؤه حول علم الوجود الذي تم تطويره لوصف الوظائف البيولوجية على المستوى الخلوي والجزيئي [14]. على عكس النهج المركزي الذي تستخدمه قاعدة بيانات KEGG ، يتم توزيع قواعد بيانات BioCyc بشكل كبير. يتكون مشروع BioCyc من MetaCyc (قاعدة بيانات مرجعية للمسارات الأيضية [15-18]) ومجموعة من قواعد البيانات الخاصة بالكائنات الحية التي تصف الجينات ومنتجات الجينات والأيض وعلاقاتها وتنظيمها في مسارات التمثيل الغذائي [13]. يحتوي MetaCyc على مسارات التمثيل الغذائي الموضحة تجريبياً من مجموعة متنوعة من الكائنات الحية [17 ، 18]. هناك عدد من قواعد بيانات BioCyc الخاصة بالكائن قيد التطوير والإشراف النشط [16 ، 19-24].

في هذا العمل ، نقدم تقريرًا عن تطوير واستخدام LeishCyc ، قاعدة بيانات المسار / الجينوم لـ L. الكبرى على أساس علم الوجود BioCyc. استند البناء الأولي لـ LeishCyc على تسلسل الجينوم لـ L. الكبرى [4] والتعليق التوضيحي لجينوم معهد ويلكوم ترست سانجر. بعد ذلك ، تم تنظيم LeishCyc بناءً على عمليات البحث في الأدبيات ودراساتنا التجريبية والمعلوماتية الحيوية. وشمل ذلك: (أ) شرح وتخصيص إنزيمات إضافية (ب) فحص وحذف وإنشاء وتعديل ردود الفعل والمسارات الموجودة و (ج) تعيين رموز الأدلة والاستشهادات الأدبية.


مراجعة الكتاب - المسارات البيوكيميائية: أطلس الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية. الطبعة الثانية

الإصدار الثاني من المسارات البيوكيميائية - أطلس الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية متاح أخيرًا - البروفيسور سانغ يوب لي (KAIST ورئيس التحرير المشارك لـ مجلة التكنولوجيا الحيوية) يستعرض الكتاب الذي طال انتظاره والذي طال انتظاره.

المسارات البيوكيميائية: أطلس الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية. الطبعة الثانية لجيرهارد ميشال وديتمار شومبورغ (محرران) ، وايلي ، 2012 ، 416 صفحة. رقم ال ISBN: 978-0-470-14684-2

الدكتور سانج يوب لي [email protected]* * المعهد الكوري المتقدم للعلوم والتكنولوجيا (KAIST)

في مختبري ، حيث أعمل على الهندسة الأيضية للكائنات الدقيقة على مدار الـ 18 عامًا الماضية في المعهد الكوري المتقدم للعلوم والتكنولوجيا (KAIST) ، يعمل "مخطط جدار المسارات البيوكيميائية" الذي توزعه حاليًا شركة Roche Diagnostics كمنصة للمراجع اليومية والمناقشة بين أعضاء المجموعة بما في ذلك الطلاب وباحثو ما بعد الدكتوراة وأنا. في عام 1999 ، عندما كنت أقوم بتوسيع مختبري للعمل على نمذجة السيليكو والمحاكاة لهندسة التمثيل الغذائي على نطاق الجينوم ، كانت الطبعة الأولى من هذا الكتاب المسارات البيوكيميائية تم نشره. هذا الكتاب ، الذي لم يكن مخيفًا جدًا للقراءة بفضل حجمه الصغير ، كان بمثابة قراءة رائعة لطلاب الدراسات العليا القادمين من قسم الأحياء وقسم الهندسة الكيميائية على حد سواء.

تطورت الكيمياء الحيوية لعملية التمثيل الغذائي والمسارات الأيضية بسرعة كبيرة خلال العقد الماضي ، وبالتالي أصبحت المعلومات والمعرفة المقدمة بشكل جيد في الإصدار الأول لا محالة قديمة على مدى السنوات الأخيرة. الإصدار الثاني من المسارات البيوكيميائية تم نشره في الوقت المناسب. قام المحررون والمؤلفون المساهمون بمثل هذا العمل الرائع في تحديث ليس فقط المعلومات الجديدة ولكن أيضًا مخططات المسار الأيضي ، والتي لا بد أنها كانت بمثابة قدر هائل من العمل.

تم نشر الطبعة الثانية من "المسارات الكيميائية الحيوية" في الوقت المناسب.

يبدأ الكتاب بفصلين عن الخلفيات والخلايا والمحتويات الخلوية العامة للكيمياء الحيوية ، والتي ستوفر زيارة جيدة للطلاب من جميع التخصصات. الفصل 3 هو جوهر هذا الكتاب ، والذي يغطي عمليات الأيض التفصيلية والمحدثة والمسارات الأيضية والمستقلبات والإنزيمات. يغطي الفصل تفاصيل التمثيل الغذائي وبعض الجوانب التنظيمية لعمليات التمثيل الغذائي الفرعية في استقلاب الكربوهيدرات ودورة حامض الستريك ، وأيض الأحماض الأمينية ، ورباعي بيرول ، والدهون والجليكوليبيدات ، والمنشطات والأيزوبرينويدات ، والعوامل المساعدة والفيتامينات ، واستقلاب الحمض النووي في البكتيريا وحقيقيات النوى ، والتمثيل الغذائي البكتيري الخاص. بما في ذلك مضادات الميكروبات وتفاعلات نقل الإلكترون والفسفرة المؤكسدة ، والتمثيل الضوئي ، والتمثيل الغذائي الثانوي للنبات. نظرًا لأن هذه الأيضات الفرعية لا يمكن دراستها بدون آليات التخليق الحيوي الخلوية الأخرى ، فقد تم تخصيص الفصل 4 للتخليق الحيوي للبروتين وتعديله وتفككه. بدءًا من التخليق الحيوي للبروتين في البكتيريا وحقيقيات النوى ، يتم تناول الموضوعات ذات الصلة بدورة الخلية ، والتعديل بعد الترجمة ، وطي البروتين ، والنقل / الاستهداف والتدهور. الفصل 5 في غير محله بعض الشيء لأنه يغطي الفيروسات. على الرغم من أنه مكتوب بشكل جيد للغاية ، إلا أنه كان من الأفضل وضع الفصل في نهاية الكتاب عند التفكير الثاني ، ومع ذلك ، لا يحتاج هذا الكتاب بالضرورة إلى القراءة بالتسلسل. يغطي الفصل 6 نقل الجزيئات. يبدأ بآليات النقل العام والمكونات المشاركة فيه ، والذي يتبعه نقل الدهون في البلازما ونقل الأكسجين بواسطة الهيموجلوبين. الفصل 7 يغطي تحويل الإشارة والاتصالات الخلوية. من الواضح أن الفصل قصير نوعًا ما لا يمكن أن يغطي جميع جوانب نقل الإشارات والتواصل ، ولكنه يلخص بشكل جيد الموضوعات المهمة لنقل الإشارات بين الخلايا ، والتوصيل العصبي والنقل المتشابك ، والتواصل داخل الخلايا ، ونظام كيناز التيروزين ، وموت الخلايا المبرمج ، ومستقبلات الستيرويد وهرمون الغدة الدرقية ، و المسارات الدورية المعتمدة على GMP. الفصل 8 يدور حول الجهاز المناعي ، والذي يغطي الخلفية العامة لجهاز المناعة بما في ذلك توليد الاستجابة المناعية ، والاستجابات المناعية المرضية ، والتصاق الكريات البيض. يتناول الفصل التاسع تخثر الدم وانحلال الفبرين ، والذي يتضمن موضوعات مثل الإرقاء ، وانتشار التخثر والتحكم فيه ، والصفائح الدموية ، وانحلال الفيبرين. يغطي الفصل الأخير بيولوجيا الأنظمة والشبكات البيولوجية ، ونمذجة التدفقات الأيضية ، وموارد المسارات البيوكيميائية والمعلومات ذات الصلة.

. كان من المفيد وجود قرص مضغوط / قرص DVD مصاحب وفصل أكثر شمولاً عن بيولوجيا الأنظمة.

على الرغم من رضائي عن هذا الكتاب المكتوب بشكل جيد ، إلا أنني ، إذا جاز لي ، لدي اقتراحان لمزيد من التحسين بالنسبة للمحررين / المؤلفين. أولاً ، سيكون من المفيد جدًا وجود قرص مضغوط / قرص DVD مصاحب يتضمن جميع المخططات / المسارات الأيضية ، بحيث يمكن استخدامها في الفصل الدراسي. ثانيًا ، يعتبر الفصل الأخير عن بيولوجيا الأنظمة وتحليل التدفق الأيضي ذا أهمية كبيرة في الوقت الحاضر ، ولكنه قصير نوعًا ما. على الرغم من أنني أفهم أنه لا يمكن أن يكون مكثفًا للغاية ، إلا أنه كان من الممكن تقدير بعض التغطية التفصيلية للمواضيع. بشكل عام ، هذه النسخة الثانية التي طال انتظارها تلبي توقعاتي تمامًا. سيكون هذا الكتاب بمثابة كتاب مرجعي مصاحب ممتاز لفصول الكيمياء الحيوية والهندسة الأيضية القياسية في كل من المستوى الجامعي والدراسات العليا. أيضًا ، سيكون مرجعًا كبيرًا في أي مختبر يعمل في مجالات جميع التخصصات البيولوجية ، والهندسة الكيميائية الحيوية ، والهندسة الأيضية. قبل الختام ، أود أن أشكر المحررين والمؤلفين المساهمين في هذه الطبعة الثانية على قيامهم بمثل هذا العمل الرائع في الوصف الشامل لكمية هائلة من المعرفة والمعلومات بطريقة سهلة المتابعة. إصبعا الإبهام عاليا!

أستاذ متميز قسم الهندسة الكيميائية والجزيئية الحيوية عميد كلية علوم الحياة والهندسة الحيوية ، رئيس مختبر البحوث الوطنية في الهندسة الأيضية ، مدير مركز أبحاث هندسة العمليات الحيوية ، مدير مركز أبحاث المعلومات الحيوية ، مركز الأنظمة والتكنولوجيا الحيوية الاصطناعية المدير المشارك ، معهد BioCentury المعهد الكوري المتقدم للعلوم والتكنولوجيا (KAIST)

حول محرري الكتاب

دكتور. ديتمار شومبورغ هو أستاذ في معهد الكيمياء الحيوية بجامعة كولونيا في كولونيا ، ألمانيا. حصل على الدبلوم في الكيمياء عام 1974 ، وعلى درجة الدكتوراه. حصل على درجة الدكتوراه في الكيمياء عام 1976 ، وأكمل تأهيله في الكيمياء الإنشائية عام 1985 ، وكل ذلك في جامعة كارولو فيلهيلمينا في براونشفايغ ، ألمانيا. تشمل اهتماماته البحثية بنية البروتين ووظيفته ، والكيمياء الحيوية الهيكلية ، والمعلوماتية الحيوية ، ومعلومات الإنزيم / شبكات التمثيل الغذائي. وهو معروف أيضًا بتأسيس BRENDA ، المصدر الرئيسي لبيانات تصنيف الإنزيم المتاحة للمجتمع.

دكتور. جيرهارد ميشال تقاعدت من شركة Boehringer Mannheim GmbH ، وهي معروفة بتجميع الرسم البياني الأصلي "المسارات البيوكيميائية" الجداري الذي يزين تقريبًا كل مختبر ومكتب للكيمياء الحيوية في جميع أنحاء العالم.


تم الكشف عنها: المسارات البيوكيميائية لأمراض الكلى


وفقًا لـ PKD International ، يعاني 12.5 مليون شخص من مرض الكلى المتعدد الكيسات. ليس هنالك علاج معروف. لكن هذا قد يتغير يومًا ما ، ويرجع الفضل جزئيًا في ذلك إلى البحث الجديد الذي أجراه باحث في علم الأحياء في كونكورديا.

في دراسة نُشرت مؤخرًا في علم الوراثة PLOSطورت كيارا جامبيري وزملاؤها نموذجًا مبتكرًا يعتمد على ذبابة الفاكهة لأنواع الأكياس الضارة التي يمكن أن تتشكل على الكلى. يمتلك النموذج إمكانات هائلة للمساعدة في دراسة كيفية تكاثر الخلايا في مرض الكلى المتعدد الكيسات والسرطان.

ولكن ما علاقة ذباب الفاكهة به؟

يظهر الجينوم البشري والذبابة مستوى مذهلاً من التشابه. في الواقع ، العلاقات الجينية ، أو المسارات الجينية ، متطابقة تقريبًا بين البشر وذبابة الفاكهة ، "يوضح جامبيري ، وهو أستاذ مساعد منتسب في علم الأحياء وعضو هيئة تدريس بدوام جزئي في كلية الفنون والعلوم في كونكورديا.

"معظم الأعضاء البشرية لها نظائر ذبابة. هذه ميزة رائعة يمكننا الاستفادة منها لدراسة وظائف الجينات المرتبطة بالأمراض ، وكذلك لتحديد الطرق الممكنة لمكافحة تلك الأمراض ".

يصعب فحص الكلى بشكل خاص بسبب صعوبات عزل النيفرون - وهي أنابيب صغيرة في الكلى ترشح المواد من سوائل الجسم. مكافئ ذبابة الفاكهة ، على الرغم من صغر حجمه ، يعمل كمستوى فعال ، مع ميزة إضافية تتمثل في السماح للباحثين بتقييم التأثيرات الجينية والكيميائية بسرعة بسبب قصر عمر ذبابة الفاكهة.

أبلغت Gamberi وزملاؤها عن أول مثال على الخراجات الكلوية في أنواع ذبابة الفاكهة ذبابة الفاكهة سوداء البطن.

من خلال نهج متعدد التخصصات يشمل التحليلات الجينية والبيولوجيا الجزيئية والتشريح المجهري وفحص الأدوية ، بدأوا في فك رموز المسارات الكيميائية الحيوية التي تتشكل من خلالها الأكياس الكلوية. كما أنشأوا طرق فحص لتحديد الأدوية المرشحة. ستساعد النتائج المهنيين الطبيين على تحديد أهداف وطرق علاجية جديدة لبعض أمراض الكلى والسرطانات.

يقول جامبيري: "تثبت النتائج التي توصلنا إليها صحة الاستخدام الإضافي لهذا النموذج الأول من نوعه للطيران لتشكيل كيس الكلى من أجل تحديد الآليات الجزيئية والخلوية في العمل".

وتضيف: "آمل أن تساعد دراساتنا في تحديد العيوب الخلوية والجزيئية الدقيقة الكامنة وراء تكوين كيس الكلى".

وهذا سيعطي أيضًا نظرة ثاقبة لأمراض مثل السرطان ، حيث تتكاثر أنواع معينة من الخلايا. في النهاية ، سيساعد هذا في تحديد الأهداف والأدوية للتدخلات العلاجية التي تهدف إلى الحد من تكوين الكيس واستعادة وظيفة النيفرون ".

شركاء في البحث: تلقت كيارا جامبيري منحتين متتاليتين من صندوق التطوير المهني التابع لجمعية أعضاء هيئة التدريس بدوام جزئي في جامعة كونكورديا لدعم أبحاثها حول استخدام ذباب الفاكهة لتحديد علاجات جديدة لمرض الكلى المتعدد الكيسات.


نسعى بنشاط إلى التعاون مع موارد البيانات الأخرى والمستخدمين لتحسين تكامل البيانات ومشاركة الجهود وجعل بياناتنا مفيدة إلى أقصى حد لعلماء الأحياء وعلماء المعلومات الحيوية. فيما يلي قائمة بأدوات البرامج والمواقع الإلكترونية وقواعد البيانات والمشاريع البحثية التي: 1) تدعم استخدام بيانات Reactome ، أو 2) قد دمجت بيانات Reactome ، أو 3) توفر روابط البيانات إلى موقع Reactome.

إذا فقدنا موقع الويب الخاص بك وقاعدة البيانات وأداة البرنامج والمشروع ، فيرجى الاتصال بنا عنوان البريد الإلكتروني هذا محمي من روبوتات السبام. تحتاج إلى تفعيل جافا سكريبت لتتمكن من مشاهدته. .

ABACUS هي خوارزمية تعتمد على إحصائية BivAriate CUmulative لتحديد تعدد أشكال النوكليوتيدات الفردية (SNPs) المرتبطة بشكل كبير بمرض ضمن مجموعات محددة مسبقًا من SNPs مثل المسارات أو المناطق الجينومية

AbsIDconvert هو نهج مطلق لتحويل المعرفات الجينية عند مستويات مختلفة

ADaCGH هو تطبيق قائم على الويب وحزمة R لتحليل بيانات aCGH

AgBase هو مورد جينوم وظيفي للزراعة

أداة الشرح الوظيفية Algal

أداة Algal Functional Annotation Tool هي مجموعة تحليل على شبكة الإنترنت لتفسير قوائم الجينات الكبيرة وظيفيًا باستخدام التعليقات التوضيحية المتكاملة وبيانات التعبير.

AltAnalyze عبارة عن منصة لتحليل وتصور بيانات تعبير exon

AMMO-Prot هو مكتشف نموذج ثلاثي الأبعاد لمشروع نظام أمين

شرح توضيحي - إنه نهج السكين السويسري للتعليق التوضيحي ، والتحليلات هي وتفسير تباين النيوكليوتيدات المفردة في المرض الذي يصيب الإنسان

Arabidopsis Reactome هي قاعدة معرفية منسقة للمسارات البيولوجية النباتية التي تحتوي على العديد من مسارات النباتات برعاية فريق John Innes Center ، بالإضافة إلى مسارات النباتات المستوردة من AraCyc و KEGG

ARACne هي خوارزمية لإعادة بناء شبكات تنظيم الجينات في السياق الخلوي للثدييات

تتضمن Asterias تطبيقات لتحليل البيانات الجينومية والبروتينية التي تغطي من تطبيع البيانات إلى تطوير نماذج التنبؤ لبيانات البقاء

atBioNet هي أداة تحليل شبكة متكاملة لعلم الجينوم واكتشاف العلامات الحيوية

أطلس علم الوراثة وعلم الوراثة الخلوية في الأورام وأمراض الدم

أطلس علم الوراثة وعلم الوراثة الخلوية في علم الأورام وأمراض الدم هو مجلة على الإنترنت وقاعدة بيانات تمت مراجعتها من قبل الزملاء في الوصول المجاني إلى الإنترنت مخصصة للجينات وعلم الوراثة الخلوية والكيانات السريرية في السرطان والأمراض المعرضة للسرطان

قاعدة المعرفة القائمة على الأدلة لوراثة التوحد

Babelomics عبارة عن مجموعة كاملة من أدوات الويب لتحليل وتكامل وتفسير أنواع مختلفة من البيانات الجينومية

طريقة حسابية لتحديد المسارات المهمة من بيانات المصفوفات الدقيقة مع عينات من فئتي الاختبار والمراقبة

BcCluster هي قاعدة بيانات لسرطان المثانة على المستوى الجزيئي

لغة ترميز الاتصال البيولوجية هي تنسيق متوافق مع SBGN لتصور وتصفية وتحليل المسارات البيولوجية

التفاعلات البيولوجية وتحليل الشبكة (BIANCA) هو إطار برمجي لتجميع التفاعلات البيولوجية وتحليل الشبكات

قاعدة بيانات عامة ، يمكن الوصول إليها عبر الويب من روابط الارتباط المقاسة ، مع التركيز بشكل أساسي على تفاعلات البروتين التي تعتبر أهدافًا للأدوية مع جزيئات صغيرة شبيهة بالعقاقير

Biological Network Manager هو مكون إضافي لـ Cytoscape ، تم تطويره لتسهيل معالجة الشبكات البيولوجية الممثلة في تنسيقات بيولوجيا الأنظمة القياسية (SBML ، SBGN ، BioPAX)

الاستخراج الآلي للعلاقات البيولوجية من الأدبيات ، مما ينتج عنه مجموعة من ثلاثة توائم (مكون 1 ، تفاعل ، مكون 2) وتشكيل بنية رسم بياني يمكن تصورها ، مقارنة بالطوبولوجيا التي تم إنشاؤها يدويًا وفحصها الخبراء

BioBin هي أداة معلوماتية حيوية لأتمتة تجميع المتغيرات النادرة باستخدام المعرفة البيولوجية المتاحة للجمهور

BioDB هو نظام معلومات معزز بعلم الوجود للمعلومات البيولوجية غير المتجانسة

BioDWH عبارة عن مجموعة مستودع بيانات لتكامل بيانات علوم الحياة

Biofilter هو نظام تكامل معرفي لتحليل متعدد المواضع لدراسات الارتباط على مستوى الجينوم

واجهة واحدة للوصول إلى العديد من مصادر البيانات الوراثية البشرية المتاحة للجمهور والتي تم تجميعها في قاعدة البيانات الداعمة لمكتبة تكامل المعرفة (LOKI)

BioGPS عبارة عن بوابة شرح جيني مجانية قابلة للتوسيع وقابلة للتخصيص ، وهي مورد كامل للتعرف على وظيفة الجينات والبروتين

تم تطوير قاعدة بيانات المستودع البيولوجي العام لمجموعات بيانات التفاعل (BioGRID) لإيواء وتوزيع مجموعات من البروتينات والتفاعلات الجينية من أنواع الكائنات الحية النموذجية الرئيسية

BioHealthBase Bioinformatics Resource Center (BRC) هو قاعدة بيانات عامة للمعلومات الحيوية ومورد تحليل لدراسة دفاع حيوي محدد ومسببات أمراض الصحة العامة - فيروس الإنفلونزا ، Francisella tularensis ، Mycobacterium tuberculosis ، أنواع Microsporidia وتوكسين الريسين

BioJS هو معيار مفتوح المصدر للتصور البيولوجي

تكامل البيانات وبيئة البحث القائمة على الشبكة مع أدوات للاستدلال وتحليل الوحدات التنظيمية للجينات

يمكّن BioMart العلماء من إجراء استعلام متقدم عن مصادر البيانات البيولوجية من خلال واجهة ويب واحدة

BioMOBY هو مشروع بحثي مفتوح المصدر يهدف إلى إنشاء بنية لاكتشاف وتوزيع البيانات البيولوجية من خلال خدمات الويب

قاعدة بيانات BioModels هي مورد بيانات يسمح لعلماء الأحياء بتخزين والبحث واسترجاع النماذج الرياضية المنشورة للمصالح البيولوجية

BioMyn هي قاعدة معرفة متكاملة للجينات البشرية والبروتينات

تبادل المسار البيولوجي (BioPAX) هو معيار قائم على RDF / OWL لتبادل المسارات البيولوجية

يتيح BioPAX Cytoscape PlugIn لمستخدمي Cytoscape تحميل ملفات BioPAX وعرضها بشكل مرئي من الويب أو نظام ملفات محلي موزع مع ملفات عينة Reactome

BioPP هي أداة للنشر على شبكة الإنترنت للشبكات البيولوجية

يوفر BioProfiling de واجهة مشتركة لمجموعة من الأدوات التحليلية المطورة حديثًا لبيانات الجينوم والبروتيوميات وبيانات التمثيل الغذائي

BioSemantic هو إطار عمل تم تصميمه لتسريع تكامل قواعد البيانات البيولوجية العلائقية

توفر القدرة المنهجية لإعادة تحديد موضع الأدوية صانعي القرار أداة موثوقة لتحسين خطوط الأنابيب وحماية الأصول وإدارة دورة الحياة

يعد نظام استرجاع التسلسل الحيوي (SRS) نظامًا أساسيًا لتكامل البيانات مثبتًا وقابلاً للتطوير يوفر البيانات الجينومية لآلاف المستخدمين

تصور بيانات النسخ التجريبية باستخدام طرق عرض مختلفة يمكن للمستخدمين التبديل بينها والمقارنة بينها

BirdsEyeView (BEV) هو نظرة عامة رسومية للبيانات التجريبية

BisoGenet هو تطبيق Cytsocape لبناء شبكات الجينات والتصور والتحليل

تصور Bayesian Network Prior (BNP) العلاقة بين أنواع الأدلة المختلفة التي تساهم في التفاعل الجيني للحدث وتستخدم لحساب احتمال الرسم البياني المرشح (G) في عملية التعلم الهيكلية

BowTieBuilder هو نمذجة مسارات تحويل الإشارة

توفر بطاقات الإجماع والصراع (C2Cards) لمحات عامة موجزة عن قواعد بيانات المسار التي توافق عليها أو لا توافق عليها

شبكة المعلوماتية الطبية الحيوية للسرطان هي شبكة معلومات تمكن جميع الفئات المستهدفة في مجتمع السرطان - الباحثين والأطباء والمرضى - من مشاركة البيانات والمعرفة

يتوقع CAERUS نتائج CAncER باستخدام العلاقة بين المعلومات الهيكلية للبروتين وشبكات البروتين وبيانات التعبير الجيني وبيانات الطفرات

CancerResource هي قاعدة بيانات شاملة للبروتينات ذات الصلة بالسرطان والتفاعلات المركبة التي تدعمها المعرفة التجريبية

يوفر CANGES وسيلة لتحديد الشبكات بسرعة لأي مجموعة من الجينات وتوليد فرضيات جديدة

CanSAR هو مصدر بحث ترجمة عام متكامل ومورد لاكتشاف الأدوية

شبكة التمثيل الغذائي البشري مناسبة لدراسة التمثيل الغذائي للقلب

CardioNet عبارة عن شبكة استقلابية بشرية مناسبة لدراسة التمثيل الغذائي لخلايا عضلة القلب

CardioVINEdb هو نهج مستودع البيانات لدمج بيانات علوم الحياة في أمراض القلب والأوعية الدموية

قاعدة بيانات دورة الخلية عبارة عن مجموعة من الجينات والبروتينات المشاركة في دورة الخلية البشرية والخميرة

موسوعة جينات السرطان ستسمح للعلماء بتحديد أهداف السرطان الجديدة

علم الوجود في دورة الخلية هو تطبيق أنطولوجيا للتمثيل والتحليل المتكامل لعملية دورة الخلية

يعد Cell Illustrator بيئة لمحاكاة الأنظمة البيولوجية وتمثيلها

CellBase عبارة عن مجموعة شاملة من خدمات الويب RESTful لاسترداد المعلومات البيولوجية ذات الصلة من مصادر غير متجانسة

CellCircuits هي قاعدة بيانات لنماذج شبكة البروتين

CellDesigner هو محرر مخطط منظم لرسم شبكات تنظيم الجينات والكيمياء الحيوية

CellFrame عبارة عن بنية بيانات لاستخراج تجارب بيولوجيا الخلية وبناء شبكات الاضطراب

أداة التوصيف هي قاعدة بيانات جديدة قائمة على المعرفة وتطبيق ويب يسمح بتخزين وتحليل أنواع مختلفة من البيانات المرتبطة بالخلية وخط الخلية وتوصيف الأنسجة عبر الأنواع المختلفة

الكيانات الكيميائية ذات الأهمية البيولوجية (ChEBI) عبارة عن قاموس متاح مجانًا للكيانات الجزيئية التي تركز على المركبات الكيميائية "الصغيرة"

Chem2Bio2RDF هو إطار عمل دلالي لربط البيانات الكيميائية والبيولوجية الكيميائية للأنظمة والتنقيب في البيانات.

ChemPort هي قاعدة بيانات بيولوجية كيميائية للأمراض ، والتي تستند إلى مجموعة من مصادر التعليقات التوضيحية المتعددة للبروتين الكيميائي ، بالإضافة إلى تفاعلات البروتين والبروتين المرتبطة بالأمراض

يعد محرر Chisio BioPAX (ChiBE) أداة تحرير وتصور مجانية لنماذج المسار التي يمثلها تنسيق BioPAX

Chipster هو برنامج تحليل سهل الاستخدام للمصفوفة الدقيقة وغيرها من البيانات عالية الإنتاجية

CIDeR عبارة عن شبكات تفاعل متعددة العوامل في الأمراض التي تصيب الإنسان

يدمج نظام إدارة قواعد البيانات المتكاملة للقلب (CIDMS) البيانات غير المتجانسة (المتوفرة من العديد من المصادر وفي تنسيقات مختلفة مثل النشر والملفات التكميلية وقواعد البيانات وصفحات الويب) التي يتم إنشاؤها على مستويات بيولوجية مختلفة

يوفر CluePedia رؤى حول المسارات من خلال دمج المعلومات التجريبية وفي السيليكو

نظام قائم على الويب لتصور وتحليل بيانات الميثيل على مستوى الجينوم للسرطان البشري

COFECO هي أداة قائمة على الويب للتعليق التوضيحي المركب لمجمعات البروتين

ConsensusPathDB هو نظام قاعدة بيانات لتكامل التفاعلات الوظيفية البشرية

COPASI هو تطبيق برمجي لمحاكاة وتحليل الشبكات البيوكيميائية ودينامياتها

cPath عبارة عن قاعدة بيانات مسار مفتوحة المصدر ومجموعة برامج مصممة لأبحاث بيولوجيا الأنظمة

يشتق Protein Network Miner الخاص بالسياق شبكات PPI الخاصة بالسياق في الوقت الفعلي من قاعدة بيانات PubMed بناءً على مجموعة من الكلمات الرئيسية لإدخال المستخدم ونظام استعلام PubMed محسّن

يساعد توصيف التشوهات المنهجية في بيانات eXpression (CSAX) في تحديد الحالات الشاذة وشرح علم الأحياء الأساسي في مجموعات بيانات التعبير

قاعدة بيانات الجينوميات السمية المقارنة (CTD) هي قاعدة بيانات منظمة تعزز فهم تأثيرات المواد الكيميائية البيئية على صحة الإنسان.

بوابة الأصول الصيدلانية CTSA

تهدف بوابة الأصول الصيدلانية إلى تسهيل التعاون بين الصناعة والأكاديمية لاكتشاف مؤشرات جديدة للمركبات التي لم تعد شركات الأدوية تطورها ، من خلال إزالة الحواجز التي تحول دون الوصول إلى هذه المركبات

تطبيق Cytoscape لدمج التفاعلات التنظيمية في تحليل الشبكة

Cytoscape هي حزمة برامج مجانية لتصور ونمذجة وتحليل شبكات التفاعل الجزيئي والوراثي

DAPD هي قاعدة معرفية للبروتينات المرتبطة بمرض السكري

DAPPER هو مصدر لاستخراج البيانات لتفاعلات البروتين والبروتين

يبحث مقيم ارتباط البروتين والبروتين التابع لجمعية الأمراض (DAPPLE) عن الاتصال المادي الكبير بين البروتينات المشفرة بواسطة الجينات في المواقع المرتبطة بالمرض وفقًا لتفاعلات البروتين والبروتين التي تم الإبلاغ عنها في الأدبيات

توفر قاعدة بيانات التعليقات التوضيحية والتصور والاكتشاف المتكامل (DAVID) مجموعة شاملة من أدوات التعليقات التوضيحية الوظيفية للمحققين لفهم المعنى البيولوجي وراء قائمة كبيرة من الجينات

DawnRank هي أداة اكتشاف لجينات السائق الشخصية في السرطان

dbOGAP هي قاعدة بيانات للبروتينات والمواقع O-GlcNAcylated

DC-ATLAS هو مورد بيولوجي للأنظمة لتشريح تحويل الإشارات المحددة لمستقبلات في الخلايا التغصنية

قاعدة بيانات التنين للجينات المتورطة في سرطان المريء (DDEC) هي قاعدة بيانات معرفية متكاملة تهدف إلى تمثيل بوابة للبيانات المتعلقة بسرطان المريء

DDESC هي قاعدة بيانات Dragon لاستكشاف قنوات الصوديوم لدى البشر ،

قاعدة بيانات Dragon للجينات المرتبطة بسرطان البروستاتا (DDPC) هي قاعدة بيانات معرفية متكاملة تهدف إلى تمثيل بوابة للبيانات المتعلقة بسرطان البروستاتا

DECODE عبارة عن تحليل تفاضلي متكامل للتعبير المشترك والتعبير التفاضلي لبيانات التعبير الجيني

DeDaL هو تطبيق Cytoscape 3 لإنتاج وتحويل تخطيطات الشبكة القائمة على البيانات والقائمة على الهيكل

DEEP هي أداة للتنبؤ بالتعبير التفاضلي

نظام Dragon Exploratory System on Hepatitis C Virus (DESHCV) هو عبارة عن تنقيب عن النصوص الطبية الحيوية والعلاقة التي تستكشف قاعدة المعرفة هي أول فيروس شامل يتم الإبلاغ عنه لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي (HCV)

يسمح نظام التنقيب عن مرض فقر الدم المنجلي باستكشاف المعلومات النصية والملغومة بالبيانات حول داء الكريّات المنجلية

نظام التنقيب عن المواد السامة والخصوبة (DESTAF) هو مورد عام متخصص يستهدف بشكل خاص الباحثين الذين يدرسون السمية الإنجابية.

قاعدة بيانات DICS هي مستودع ويب ديناميكي للوحدات الوظيفية المتوقعة حسابيًا من شبكة تفاعل البروتين البشري

Dintor هو إطار عمل لتكامل البيانات يوفر مجموعة من أكثر من 30 أداة لمساعدة الباحثين في استكشاف مجموعات بيانات الجينوم والبروتيوميات

مورد تفاعلي للاختيار العقلاني والمقارنة بين البروتينات المستهدفة للدواء المفترض في الملاريا Phelelani T.

DisGeNET عبارة عن منصة اكتشاف تدمج المعلومات حول جمعيات أمراض الجينات (GDAs) من العديد من مصادر البيانات العامة والأدبيات

تم تخصيص قاعدة بيانات DNAtraffic لتكون قاعدة بيانات فريدة وشاملة وغنية بديناميكيات الجينوم أثناء حياة الخلية

DR-GAS هي قاعدة بيانات للمتغيرات الجينية الوظيفية وحالات الفسفرة الخاصة بها في أنظمة إصلاح الحمض النووي البشري

DriverDB هي قاعدة بيانات تسلسل exome لتحديد الجينات المسببة للسرطان

درايفر نت تكشف عن تأثير الطفرات الجسدية الدافعة على شبكات النسخ في السرطان

قاعدة بيانات تفاعلات ذبابة الفاكهة هي مورد شامل لتفاعلات الجينات والبروتينات المشروحة

DrugViz هو مكون إضافي لـ Cytoscape مصمم لتصور وتحليل الجزيئات الصغيرة في إطار التفاعل

مستودع بيانات التفاعلات الجينية للخميرة (DRYGIN) هو نظام قاعدة بيانات على شبكة الإنترنت يوفر منصة مركزية لتحليل الشبكة الوراثية للخميرة والتصور

ECMDB هي قاعدة بيانات E coli Metabolome

Eddb هو مورد ويب لاضطراب الأكل وتطبيقه لتحديد مسار إشارات الخلايا الشحمية الممتد المرتبط باضطراب الأكل

EndoNet هو مصدر معلومات حول شبكة التشوير بين الخلايا

ENFIN هي شبكة لتعزيز بيولوجيا الأنظمة التكاملية

خريطة الإثراء هي طريقة قائمة على الشبكة لتصور الإثراء الجيني وتفسيره

Enrichr هي أداة تحليل إثراء قائمة الجينات HTML5 التفاعلية والتعاونية

مناجم وعرض بيانات حول البروتينات ذات النشاط الأنزيمي من المستودعات العامة عبر بحث واحد ، ويتضمن تفاعلات كيميائية حيوية ، ومسارات بيولوجية ، وكيمياء جزيئات صغيرة ، ومعلومات عن المرض ، وهياكل بروتينية ثلاثية الأبعاد ، ومؤلفات علمية ذات صلة

Eu Gene Analyzer هي أداة لدمج بيانات التعبير الجيني مع قواعد بيانات المسار

EXPression ANalyzer and DisplayER) عبارة عن منصة برمجية متكاملة لتحليل بيانات التعبير الجيني ، وهي متاحة مجانًا للاستخدام الأكاديمي

خادم بروتينات نظام تحليل البروتين الخبير (ExPASy) التابع للمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB) مخصص لتحليل تسلسل البروتينات وهياكلها بالإضافة إلى 2-D PAGE

FACT هو إطار للتفسير الوظيفي للتجارب عالية الإنتاجية

تطير موردًا عبر الإنترنت يجمع البيانات من أكثر من 100 ذبابة الفاكهة في شاشات الجسم الحي وفي المختبر RNAi

خريطة مسار شاملة يمكن أن تكون بمثابة قاعدة معرفية مقدمة بيانياً ومنصة لتحليل التفاعلات الوظيفية بين IAV والعوامل المضيفة

وظيفة إضافية VANTED للاستكشاف المرئي لتوزيعات التدفق في الشبكات البيولوجية

FlyMine هي قاعدة بيانات متكاملة لجينوم ذبابة الفاكهة والأنوفيلة

FlyReactome هي قاعدة معرفية منظمة لمسارات ذبابة الفاكهة السوداء

مساعد الجينوم الوظيفي عبارة عن صندوق أدوات MATLAB قابل للتوسيع وقابل للنقل لاستدلال العلاقات البيولوجية ، وتحليل طوبولوجيا الرسم البياني ، ومحاكاة الشبكة العشوائية ، وتجميع الشبكة ، وإحصاءات الإثراء الوظيفي

تعد قاعدة بيانات FunGenES مصدرًا لعلم الجينوم لتمايز الخلايا الجذعية الجنينية للفأر

g: Profiler عبارة عن مجموعة أدوات قائمة على الويب للتنميط الوظيفي لقوائم الجينات من تجارب واسعة النطاق

قاعدة بيانات سرطان الثدي من الجينات إلى الأنظمة (G2SBC) هي مورد للمعلومات الحيوية يجمع ويدمج البيانات حول الجينات والنصوص والبروتينات التي تم الإبلاغ عنها في الأدبيات ليتم تغييرها في خلايا سرطان الثدي

Gaggle هو إطار عمل لتبادل البيانات بين أدوات البرمجيات وقواعد البيانات المطورة بشكل مستقل لتمكين الاستكشاف التفاعلي لبيانات بيولوجيا الأنظمة

يوفر Gallus Genome GBrowse إمكانية الوصول عبر الإنترنت إلى المعلومات الجينية وغيرها من المعلومات حول الدجاج

GallusReactome هي قاعدة معرفية منظمة لمسارات الدجاج

نهج جديد لتحليل المسار الموزون بالجينات ، كما هو مطبق في حزمة R تسمى تحليل المسار المستند إلى الشبكة -Gene Associaqtion "

التوقع برابطة الجينات الوظيفية هي طريقة تكاملية للتنبؤ بالارتباطات الوظيفية للجينات وتوصيفها

تحليل الشبكة لتعبير السلسلة الزمنية (GATE) عبارة عن منصة برمجية حسابية متكاملة للتحليلات وتصور السلاسل الزمنية الجزيئية الحيوية عالية الأبعاد

يركز GBMBase على البيانات المستخدمة في أبحاث الورم الأرومي الدبقي (GBM)

GCMAP عبارة عن خرائط اتصال سهلة الاستخدام مع R

يوفر اكتشاف الجينات للأمراض الوراثية (GEDI) منصات متكاملة للمعلومات الحيوية التي ستدعم تحليل أنظمة الاضطرابات البشرية متعددة الجينات

مشروع علم الوجود الجيني هو مبادرة معلوماتية حيوية رئيسية بهدف توحيد تمثيل الجينات وسمات منتجات الجينات عبر الأنواع وقواعد البيانات

Gene3D هو مورد قائم على المجال لعلم الجينوم المقارن والتعليقات التوضيحية الوظيفية وتحليل شبكة البروتين

استخدام حزمة GeneAnswers للموصل الحيوي لتفسير قوائم الجينات

GeneBrowser 2 هو تطبيق لاستكشاف وتحديد السمات البيولوجية المشتركة في مجموعة من الجينات

يستخرج ويدمج البيانات المتعلقة بالجينات ، بما في ذلك المعلومات الجينومية والنسخية والبروتينية والوراثية والسريرية والوظيفية

يساعدك على التنبؤ بوظيفة الجينات ومجموعات الجينات المفضلة لديك

GeneSigDB هي قاعدة بيانات ومورد منظم يدويًا لتحليل توقيعات التعبير الجيني

يوفر GeneSpring GX أدوات إحصائية قوية ويمكن الوصول إليها من أجل تصور وتحليل سريع للتعبير وبيانات التباين الهيكلي الجيني

GeneSrF هي أداة قائمة على الويب لاختيار الجينات وتصنيفها باستخدام الغابة العشوائية

GeneTrail 2 هي واجهة ويب توفر الوصول إلى أدوات مختلفة للتحليل الإحصائي للتوقيعات الجزيئية

برنامج Gene Map Annotator and Pathway Profiler (GenMAPP) عبارة عن أداة برمجية معلوماتية حيوية مجانية ومفتوحة المصدر مصممة لتصور وتحليل البيانات الجينومية في سياق المسارات (التمثيل الغذائي والتشوير) ، وربط مجموعات البيانات على مستوى الجينات بالعمليات البيولوجية والأمراض

إطار عمل للتشغيل البيني قائم على السحابة لدعم تحليل الجينوم التكاملي من خلال واجهة ويب سهلة الاستخدام

GenWay Biotech، Inc هي شركة تقدم حلول البروتين والأجسام المضادة وإليسا

gespeR هو نموذج إحصائي لفك تشابك شاشات تداخل الحمض النووي الريبي خارج الهدف

مسح Genomic Explorer Y للاستجابة المناعية (GEYSIR) هو تطبيق ويب مصمم لربط بيانات ارتباط الحالة مع الخرائط الجينية والمادية للجينوم البشري ، بما في ذلك الجينات البشرية الرئيسية المرتبطة بالاستجابة المناعية للمضيف

تساعدك أدوات GingerSNP على استكشاف مصفوفات SNP البشرية القياسية من خلال التفاعل والمسار والوظيفة

GLAMM هو تطبيق مرتبط بالجينوم لخرائط التمثيل الغذائي

الهدف هو أداة برمجية لتقييم الأهمية البيولوجية لمجموعات الجينات

GoMiner »هي أداة للتفسير البيولوجي لبيانات" omic "_ بما في ذلك البيانات من المصفوفات الدقيقة للتعبير الجيني

GPEC هو مكون إضافي لـ Cytoscape لتحديد أولويات الجينات القائمة على السير العشوائي وجمع الأدلة الطبية الحيوية

حزمة موصل حيوي لتحويل طوبولوجيا المسار إلى شبكة الجينات

GraphWeb هو خادم ويب عام للتحليل المستند إلى الرسم البياني للشبكات البيولوجية

تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA) هو طريقة حسابية تحدد ما إذا كانت مجموعة الجينات المحددة مسبقًا تظهر اختلافات متطابقة ذات دلالة إحصائية بين حالتين بيولوجيتين

جوافة هي خلاصة وافية لبيانات الجينوم المضيف في بيولوجيا ومرض فيروس نقص المناعة البشرية

مشروع HapMap الدولي عبارة عن شراكة بين علماء ووكالات تمويل من كندا والصين واليابان ونيجيريا والمملكة المتحدة والولايات المتحدة لتطوير مورد عام سيساعد الباحثين في العثور على الجينات المرتبطة بالأمراض البشرية والاستجابة للأدوية.

HCVpro عبارة عن قاعدة بيانات تفاعل بروتين فيروس التهاب الكبد الوبائي

HDAPD هي أداة ويب للبحث في هياكل البروتين المرتبطة بالأمراض

HEFalMp (الإنسان التجريبي / الوظيفي AL MaPper) هي أداة تسمح بالاستكشاف التفاعلي للخرائط الوظيفية (أو شبكات العلاقات الوظيفية) المتوقعة من تكامل العديد من النتائج التجريبية على نطاق الجينوم

HepatoNet1 هو إعادة بناء استقلابية شاملة لخلايا الكبد البشرية لتحليل فسيولوجيا الكبد

قاعدة بيانات HGNC في عام 2008 هي مورد للجينوم البشري

hiPathDB عبارة عن قاعدة بيانات مسار متكاملة بشريًا مع تصور سهل

hLGDB هي قاعدة بيانات للجينات الليزوزومية البشرية وتنظيمها

قاعدة بيانات المستقلب البشري (HMDB) هي قاعدة بيانات إلكترونية متاحة مجانًا تحتوي على معلومات مفصلة حول نواتج الأيض الجزيئي الصغير الموجودة في جسم الإنسان

يوفر نظام تحليل بروتين الغشاء البشري معلومات شاملة عن بروتينات الغشاء البشري بما في ذلك السمات المحددة لمجموعات بروتين غشائية معينة

HMPAS هو نظام تحليل بروتين الغشاء البشري

قاعدة بيانات نقل الغشاء البشري

bicluster miRNAs و messenger RNAs (mRNAs) على أساس تفاعلاتها التي تم التحقق منها تجريبياً و / أو المتوقعة

HomoMINT هي شبكة بشرية مستنتجة تستند إلى رسم خرائط تقويمية لتفاعلات البروتين المكتشفة في الكائنات الحية النموذجية

قاعدة بيانات المسار البشري (HPD) هي قاعدة بيانات متكاملة للمسار البشري توفر عرضًا شاملاً ومجمعًا لربط البروتينات البشرية والجينات والحمض النووي الريبي والإنزيمات والإشارات والتفاعلات الأيضية والأحداث التنظيمية للجينات

HPIDB هو مورد موحد لتفاعلات المضيف الممرض

Hubba هو محلل كائنات ahub - وهو إطار لتحديد المحاور التفاعلية لبيولوجيا الشبكة

HuPho هي بوابة فوسفاتيز بشري

منصة موجهة للأمراض ، تجمع البيانات المتعلقة بآليات الجزيئات الحيوية المشاركة في ظهور مرض التهاب الأمعاء

IDClight يحول معرفات فردية من خلال عنوان URL

Idconvertor يعيّن معرّفات قواعد البيانات العامة الأخرى المعروفة

بوابة قاعدة بيانات وتحليل المناعة (ImmPort) ، هي محطة واحدة للوصول إلى بيانات المراجع والتجارب لعلماء المناعة

قاعدة بيانات أبحاث الإنفلونزا

قاعدة بيانات أبحاث الإنفلونزا هي مصدر لمجتمع أبحاث فيروسات الإنفلونزا من شأنه تسهيل فهم فيروس الإنفلونزا وكيفية تفاعله مع الكائن الحي المضيف

InnateDB هي قاعدة بيانات متاحة للجمهور للجينات والبروتينات والتفاعلات التي تم التحقق منها تجريبياً ومسارات الإشارات المشاركة في الاستجابة المناعية الفطرية للإنسان والفئران للعدوى الميكروبية

تكامل كائنات الشبكة مع التسلسلات الهرمية (INOH) هي قاعدة بيانات مسار للكائنات الحية النموذجية بما في ذلك الإنسان والفأر والفئران وغيرها

NRICH هي أداة تحليل الإثراء المستندة إلى الفاصل الزمني لدراسات الارتباط الواسع للجينوم

IntAct هو مصدر مفتوح المصدر لبيانات التفاعل الجزيئي

IntegromeDB هو نظام متكامل ومحرك بحث بيولوجي

مورد للتعليق التوضيحي الهيكلي ونمذجة تفاعلات البروتين البروتين

مستودع بيانات مفتوح المصدر مصمم خصيصًا لتكامل وتحليل البيانات البيولوجية المعقدة

قاعدة بيانات متكاملة لتحليل المسار لتحليل الإثراء المنهجي لتحديد الترابط بين خصوصية المسار والمرض والعقاقير والعضو

iPAS عبارة عن سلسلة من الخطوات التكاملية ، والتي تعمل على توسيع تقنيات تحليل المسار الحالية ، وتتكون من أربعة أجزاء هي معالجة البيانات ، وإحصاءات مستوى الجينات ، ودرجة انحراف المسار الفردي (iPAS) ، واختبار الأهمية

IPAVS هو نظام متكامل لموارد المسار والتحليل والتصور

InterSpecies Analyzing Application باستخدام الحاويات هو أداة قائمة على الويب ، والتي تحلل مجموعات من الجينات والنصوص والبروتينات في ظل وجهات نظر بيولوجية مختلفة وتعديل هذه المجموعات بشكل تفاعلي في أي نقطة من التحليل

KaBOB هو تكامل دلالي قائم على الأنطولوجيا لقواعد البيانات الطبية الحيوية

تحديث KDBI عبارة عن بيانات حركية لقاعدة بيانات التفاعل الجزيئي الحيوي

KeyPathwayMiner عبارة عن تحليل مسار خاص بحالة معينة من خلال الجمع بين دراسات وشبكات omics المتعددة مع Cytoscape

KOBAS هو تحديث لنظام KOBAS (نظام التعليقات التوضيحية المستند إلى تقويم العظام KEGG) والغرض منه هو تحديد المسارات والأمراض ذات الصلة المخصّصة إحصائيًا لمجموعة من الجينات أو البروتينات ، باستخدام معرفة المسار والمرض من قواعد بيانات متعددة شائعة الاستخدام

LDGIdb هي قاعدة بيانات للتفاعلات الجينية المستخلصة من اختلال التوازن القوي بعيد المدى بين أزواج SNPs

تعد بيانات الحياة المرتبطة منصة تكامل دلالية لمجال الطب الحيوي

قاعدة بيانات للدهون النظرية محسّنة من أجل قياس الطيف الكتلي عالي الإنتاجية

توفر Lists2Networks تحليلاً متكاملاً لقوائم الجينات / البروتينات

يعد LiverAtlas قاعدة بيانات معرفية متكاملة فريدة من نوعها للبحوث على مستوى الأنظمة الخاصة بأمراض الكبد والكبد

مكتبة تكامل المعرفة (LOKI) ، والتي تحتوي على معرفة سابقة متنوعة من مجموعات متعددة من البيانات البيولوجية

يتيح MAGeCK تحديدًا قويًا للجينات الأساسية من شاشات خروج المغلوب CRISPR / Cas9 بمقياس الجينوم

Manteia هو نظام تنبؤي للتنقيب عن البيانات لجينات الفقاريات وتطبيقاتها على الأمراض الوراثية البشرية

mAPKL عبارة عن حزمة aR / Bioconductor للكشف عن نماذج الجينات والكشف عن خصائصها

MassVis هو تحليل مرئي لمجمعات البروتين باستخدام مطياف الكتلة

إطار عمل MeSH ORA عبارة عن حزم aR / Bioconductor لدعم تحليل الإفراط في التمثيل في MeSH

Meta-All هو نظام لإدارة معلومات المسار الأيضي

يعد مستودع MetaboLights أحد تحديات التنظيم في علم الأيض

MetaCrop 20 هو إدارة واستكشاف المعلومات حول استقلاب نبات المحاصيل

MetaCyc هي قاعدة بيانات للمسارات الأيضية غير الزائدة والموضحة تجريبياً

رسم الخرائط وتصور البيانات الأيضية من خلال دمج المعلومات من المسارات الكيميائية الحيوية والتشابه الطيفي الكيميائي والكتلي

METANNOGEN هي أداة مرنة لإدارة المعلومات لتصميم شبكات التمثيل الغذائي

MetaReg هي عبارة عن منصة لنمذجة وتحليل وتصور الأنظمة البيولوجية باستخدام بيانات تجريبية واسعة النطاق

metaTIGER عبارة عن مجموعة من الملامح الأيضية ومعلومات النشوء والتطور على مجموعة متنوعة تصنيفيًا من حقيقيات النوى

MetNet Online هو مورد متكامل جديد لبيولوجيا أنظمة النباتات

MetNetAPI هي طريقة مرنة للوصول إلى بيانات الشبكة البيولوجية من MetNet ومعالجتها

MetRxn هي قاعدة معرفة من المستقلبات والتفاعلات التي تغطي النماذج الأيضية وقواعد البيانات

MGV هو عارض رسم بياني عام لبيانات omics المقارنة

ميشيغان التفاعلات الجزيئية (MiMI) يوفر الوصول إلى المعرفة والبيانات المدمجة والمتكاملة من العديد من قواعد بيانات تفاعلات البروتين

MIMO هي أداة فعالة لتداخل خرائط التفاعل الجزيئي

Mimoza عبارة عن تقريب دلالي قائم على الويب والتنقل في شبكات التمثيل الغذائي

MINT هو مستودع عام لبيانات التفاعل الجزيئي

تدمج بوابة تكامل بيانات microRNA (mirDIP) اثنتي عشرة مجموعة بيانات للتنبؤ بالـ microRNA من ست قواعد بيانات للتنبؤ بالـ microRNA ، مما يسمح للمستخدمين بتخصيص عمليات البحث المستهدفة للـ microRNA الخاصة بهم

MIRIAM هي محاولة لتوحيد الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة في التعليقات التوضيحية للنماذج ، بحيث يمكن للمجموعات المختلفة التعاون في شرح النماذج الحسابية في علم الأحياء وتنظيمها

توفر منصة miRror-Suite شرحًا موجزًا ​​ومعقولًا لتنظيم miRNAs في مثل هذه الإعدادات المعقدة

miRSystem هو نظام متكامل لتوصيف الوظائف والمسارات الغنية لأهداف MicroRNA

MK4MDD عبارة عن قاعدة معرفية متعددة المستويات ومنصة تحليل لاضطراب الاكتئاب الشديد

MMMDB هي قاعدة بيانات مستقلب الأنسجة المتعددة للفأرة

modMine هو وصول مرن إلى بيانات modENCODE

MODOMICS هي قاعدة بيانات لمسارات تعديل الحمض النووي الريبي - تحديث 2013

تم تطوير قاعدة بيانات MoKCa (طفرات كينازات في السرطان) للتعليق الهيكلي والوظيفي ، وحيثما أمكن التنبؤ بالنتائج المظهرية للطفرات في كينازات البروتين المتورطة في السرطان.

MoonDB هي قاعدة بيانات تحتوي على معلومات عن جميع المرشحين المحددين في التحليلات ومجموعة من بروتينات القمر الإضافي البشرية المنسقة يدويًا

تتيح قاعدة بيانات تعبير البروتين النموذجي للكائن الحي الاكتشافات من خلال بيانات البروتينات المعالجة باستمرار

قاعدة بيانات التواقيع الجزيئية (MSigDB) عبارة عن مجموعة من مجموعات الجينات المشروحة للاستخدام مع برنامج GSEA

MuSiC هو تحديد الأهمية الطفرية في جينومات السرطان

MyBiosource هو مزود للأجسام المضادة والبروتين والببتيد وكواشف ELISA

NaviCell هي بيئة قائمة على الويب للملاحة وتنظيم وصيانة خرائط التفاعل الجزيئي الكبيرة

تطبيق رسوم بياني قوي للتصور ثنائي الأبعاد وثلاثي الأبعاد للشبكات البيولوجية

تعمل قاعدة بيانات NCBI Biosystems على مركزية قواعد بيانات الأنظمة البيولوجية الموجودة وتربطها معًا

Entrez Gene هي قاعدة بيانات للجينات قابلة للبحث ، من جينومات RefSeq ، ومحددة بالتسلسل و / أو موجودة في NCBI Map Viewer

BioPortal هو تطبيق قائم على الويب للوصول إلى الأنطولوجيا الطبية الحيوية ومشاركتها

NCIS عبارة عن مجموعة مشتركة بمساعدة الشبكة لتحديد الأنواع الفرعية للسرطان

ncRNA هو موقع بوابة لأدوات المعلوماتية الحيوية وقواعد البيانات المتخصصة للـ RNAs الوظيفية

NeMo هو تعريف وحدة الشبكة في Cytoscape

NetBox هي أداة برمجية قائمة على Java لإجراء تحليل الشبكة على شبكات التفاعل البشري

طريقة تعدين بسيطة قائمة على المعرفة لاستكشاف الجزيئات الرئيسية المخفية في شبكة جزيئية حيوية بشرية

NetPath هو مورد عام لمسارات تحويل الإشارة المنسقة

NetSlim عبارة عن خرائط إشارات منظمة عالية الثقة

NetWalker هي أداة تحليل شبكة سياقية لعلم الجينوم الوظيفي

فحص الشبكة هو طريقة جديدة لتحديد الشبكات النشطة من مجموعة من الشبكات المعروفة

Network2Canvas عبارة عن تصور للشبكة على قماش مع تحليل الإثراء

NetWORKIN هي طريقة للتنبؤ بعلاقات الركيزة في الجسم الحي ، والتي تزيد من أشكال التوافق مع سياق الكينازات والبروتينات الفوسفورية

NetworkLego هو إطار عمل حسابي عام لاكتشاف الشبكات الخلوية التي يتم تنشيطها في حالة خلية معينة أو استجابةً لاضطراب ولتحديد الشبكات الخلوية الأساسية التي يتم تنشيطها استجابةً لاضطرابات متعددة

أداة متعددة الاستخدامات لتحديد الأولويات على أساس الشبكة لجينات المرض المرشحة أو الجزيئات الأخرى

منصة مفتوحة المصدر لإنشاء شبكات الأمراض التنكسية العصبية وتحليلها

neXtProt هي عبارة عن منصة اكتشاف تتمحور حول الإنسان تقدم لمستخدميها تكاملاً سلسًا والتنقل عبر البيانات المتعلقة بالبروتينات

يدمج برنامج تحديد أولويات الجينات الشبكي التعبير الجيني وشبكة التفاعل بين البروتين والبروتين لإعطاء الأولوية للجينات المرتبطة بالسرطان

OncoRep هي أداة إبلاغ n-of-1 لدعم العلاج الموجه بالجينوم لمرضى سرطان الثدي باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبي

Onto-Tools هي إضافات وتحسينات جديدة في عام 2006

OntoSlug هو برنامج الواجهة الأمامية المرئي الديناميكي للأنطولوجيات

تم دمج مؤشرات PPI المعروفة والتجريبية والمتوقعة لخمسة كائنات نموذجية وبشرية في قاعدة بيانات I2D

يوفر أوركيد معرفًا رقميًا ثابتًا يميزك عن أي باحث آخر

محرك استدلال علم الوجود للمسارات الجزيئية هو قاموس دلالي لنماذج المسارات الحسابية

قاعدة المعرفة p53 هي مصدر معلومات متكامل لبحوث p53

PAGED عبارة عن قاعدة بيانات للمسار ومجموعة الجينات لتمكين اكتشافات النمط الظاهري الجزيئي

PAGER هو إطار عمل قاعدة بيانات جديد لإجراء تحليل متكامل لمجموعة الجينات والشبكات والمسار (GNPA)

PaLS هي أداة ترشح ، من قائمة أو مجموعة من قوائم معرفات الجينات / النسخ / البروتين ، تلك التي تفي بمعايير معينة تتعلق بمراجعها إلى المقالات في PubMed ، ومصطلحات Gene Ontology ومسارات KEGG و Reactome

قاعدة بيانات تعبير البنكرياس

قاعدة بيانات Pancreatic Expression هي المستودع الرئيسي لبيانات مشتقة من البنكرياس

Pandora هو نهج متكامل جديد يستخدم طوبولوجيا الشبكة للتنبؤ بالمسارات البيولوجية

يتنبأ PARADIGM-SHIFT بوظيفة الطفرات في العديد من السرطانات باستخدام تحليل تأثير المسار

Path2Models هو جيل واسع النطاق من النماذج الحسابية من خرائط المسارات البيوكيميائية

PathAgent هو نظام متعدد العوامل لتكامل معلومات المسار المحدث

تقوم PathCase-SB بدمج مصادر البيانات وتوفير الأدوات لأبحاث بيولوجيا الأنظمة

PathJam هي أداة عامة توفر إطارًا بديهيًا وسهل الاستخدام لتحليل المسار البيولوجي لقوائم الجينات البشرية

إطار منطقي قابل للتطوير لنمذجة الإشارات الخلوية

يعد التعرف على الكيان المسمى Pathway أداة لتحديد منهجي للمسار البيولوجي المذكور في الأدبيات

Pathprinting هو نهج تكاملي لفهم الأساس الوظيفي للمرض

PathRings هي أداة قائمة على الويب لاستكشاف بيانات تقويم العظام والتعبير في المسارات البيولوجية

PathScan هي أداة لتمييز الأهمية الطفرية في مجموعات من جينات السرطان المفترضة

PathVar هو تحليل تباين التعبير الجيني والبروتيني في المسارات الخلوية باستخدام بيانات ميكروأري

Pathview عبارة عن حزمة R / Bioconductor لتكامل البيانات القائمة على المسار والتصور

تصور وتحليل البيانات تلقائيًا على المسارات باستخدام PathVisioRPC من أي بيئة برمجة

جهاز عرض المسار هو مستعرض مسار قابل للزووم يعتمد على الويب باستخدام KEGG Atlas و Google Maps API

يوفر Pathway Commons للباحثين وصولاً مناسبًا إلى مجموعة شاملة من المسارات من كائنات متعددة

قاعدة بيانات مسار التفاعل

قاعدة بيانات Pathway Interaction (PID) هي مجموعة متاحة مجانًا من المسارات المنسقة والمراجعة من قِبل الأقران والتي تتكون من إشارات جزيئية بشرية وأحداث تنظيمية وعمليات خلوية رئيسية

قاعدة معارف Pathway هي مستودع عام للبحث عن المسارات البيولوجية

يحدد Pathway-GPS و SIGORA المسارات ذات الصلة بناءً على التمثيل الزائد لتوقيعات أزواج الجينات الخاصة بهم

PathwayCaseMAW هو نظام عبر الإنترنت لتحليل شبكة التمثيل الغذائي

نظام لدمج تفاعل البروتين-البروتين وبيانات مسار الإشارات من عدة مصادر مع اختبارات الأهمية الإحصائية وتصور واضح

يضع PATIKAmad بيانات ميكروأري في سياق المسار

أداة تحليل المسار للتكامل واكتساب المعرفة

مكتبة جافا مفتوحة المصدر تحتوي على مرافق وخوارزميات للمهام الشائعة ولكن صعبة التنفيذ مثل القراءة والكتابة والبحث والدمج والمقارنة وتحويل معلومات المسار

Payao هي عبارة عن منصة مجتمعية لتنظيم نموذج مسار SBML

يتيح متصفح PBSK للمستخدمين التنقل في المسارات البيولوجية لتنسيقات PSI-MI و BioPAX و SBML و KGML

بوابة معلومات للتركيبات البيولوجية الجزيئية

يقوم بنك بيانات البروتين في أوروبا (PDBe) بإدخال هيكل إلى علم الأحياء

تركز قاعدة بيانات أمراض البريون (PDDB) على البيانات المستخدمة في أبحاث أمراض البريون (PD) يوفر هذا الموقع الأدوات التي تسمح للعلماء بتحليل وتخزين ومشاركة بيانات PD مع علماء آخرين

توفر أداة تحليل مسار التخصيب طريقة مسبقة لتحديد المبادئ البيولوجية الأساسية من خلال حساب المسارات المخصبة في شبكات التركيز

اتحاد علاجات مضادات الالتهاب غير الستيروئيدية المخصص (PENTACON) عبارة عن مجموعة من العلماء لديهم مجموعة واسعة من الخبرات من مؤسسات متعددة هدفها الجماعي هو تطوير نموذج لإضفاء الطابع الشخصي على العلاج الدوائي

مورد بيانات متكامل حول كيف يؤدي التباين في الجينات البشرية إلى اختلاف الاستجابة للأدوية

PhosphoELM هي قاعدة بيانات لمواقع الفسفرة - تحديث 2008

بوابة تفاعل العوامل الممرضة هي قاعدة بيانات لبيانات PPI للمضيف الممرض (HP-PPI) من عدد من الموارد العامة

مصدر معلومات البروتين (PIR) هو مورد معلوماتية حيوية عام متكامل لدعم أبحاث الجينوم والبروتينات وبيولوجيا الأنظمة والدراسات العلمية

قاعدة بيانات لمسارات النبات يمكن الوصول إليها مجانًا والتي تستضيف مسارات التمثيل الغذائي والتنظيمي للنبات

مورد الجينوم المقارن لدراسة تطور الجينات والجينوم في النباتات

تعد PolyDoms قاعدة بيانات كاملة للجينوم لتحديد أشكال SNPs ذات الترميز غير المترادف مع إمكانية التأثير على المرض

Pomelo II هي أداة مفتوحة المصدر وقائمة على الويب ومتاحة مجانًا لتحليل التعبير الجيني (والبروتين) وبيانات مجموعة الأنسجة

يعطي MEDLINE الموضعي (PosMed) الأولوية للجينات المرشحة للاستنساخ الموضعي

PpiTrim مخصص لبناء تفاعلات غير زائدة عن الحاجة ومحدثة

المورد التفاعلي أرابيدوبسيس المتوقع

قاعدة بيانات للتفاعلات النباتية المحتملة ، والشروح التفصيلية والمزيد من التحديد لكل قياس ثقة التفاعل

PRGdb هو نموذج قاعدة بيانات مجتمعية لتحليل جينات R في النباتات

قاعدة بيانات تعريف البروتيوميات في EBI هي مستودع بيانات البروتينات المشتقة من قياس الطيف الكتلي

طريقة تحديد الأولويات للجينات المرشحة الموضعية ، بافتراض أن غالبية الجينات المسببة وظيفيًا مرتبطة ارتباطًا وثيقًا

علم الوجود البروتيني (PRO) هو تمثيل رسمي للكائنات البروتينية ، حيث يوفر كلًا من أوصاف هذه الكائنات والعلاقات بينها

PROGgeneV2 هي قاعدة بيانات شاملة لتنبؤات السرطان

ProKinO هو إطار عمل لأنطولوجيا بروتين كينيز

الأطلس البروتيني للبصلة الشمية للإنسان

تحدد مجموعة العمل الخاصة بالتفاعل الجزيئي لمبادرة معايير البروتينات البروتينية HUPO (PSI-MI) معايير المجتمع لتمثيل البيانات في البروتينات لتسهيل مقارنة البيانات وتبادلها والتحقق منها

PSIQUIC هي خدمة ويب للوصول إلى بيانات تفاعل PSI-MI

pSTIING هو نهج "أنظمة" نحو دمج مسارات الإشارات والتفاعل والشبكات التنظيمية للنسخ في حالات الالتهاب والسرطان

PUPPI هي طريقة لتحليل المسار باستخدام شبكة تفاعل البروتين البروتين لبيانات التحكم في الحالة

PyBioS هو نظام لنمذجة ومحاكاة العمليات الخلوية

الكوارتز- Seq هي طريقة عالية التكاثر وحساسة لتسلسل الحمض النووي الريبي أحادية الخلية ، وتكشف عن عدم تجانس التعبير الجيني غير الجيني

RDF2Graph أداة لاستعادة وفهم والتحقق من صحة الأنطولوجيا لمورد RDF

RDFScape هو مكون إضافي تم تطويره للاستعلام والتخيل والسبب في الأنطولوجيات الممثلة في OWL أو RDF داخل Cytoscape

مجموعة من خرائط التعليقات التوضيحية لـ Reactome تم تجميعها باستخدام بيانات من Reactome

ReactomePA هي حزمة R لتحليل مسار Reactome

ReConn هو مكون إضافي Java يربط Cytoscape بقاعدة بيانات Reactome

RefNetBuilder عبارة عن منصة لبناء شبكات تنظيم الجينات المرجعية المتكاملة من علامات التسلسل المعبر عنها

قاعدة بيانات للمحفزات المشروحة للجينات المرتبطة بأمراض الجهاز التنفسي الشائعة والأمراض ذات الصلة

ReMatch هي أداة قائمة على الويب لإنشاء وتخزين ومشاركة نماذج التمثيل الغذائي المتكافئ مع خرائط الكربون لتحليل التدفق الأيضي

REPAIRtoire هي قاعدة بيانات لمسارات إصلاح الحمض النووي

قاعدة بيانات الجينوم الجرذ (RGD) عبارة عن مجموعة من المعلومات الجينية والجينومية عن الفئران

ريا هي مورد منسق يدويًا للتفاعلات البيوكيميائية

RhesusBase هي قاعدة معرفية لمجتمع أبحاث القردة

أداة للكشف عن الدافع التنظيمي في شبكة التشوير

RNApathwaysDB هي قاعدة بيانات لمسارات نضج وانحلال الحمض النووي الريبي

ROCK هو أحد موارد الجينوميات الوظيفية لسرطان الثدي

R spider هي أداة قائمة على الويب لتحليل قائمة الجينات باستخدام المعرفة المنهجية للمسارات الأساسية والتفاعلات في البيولوجيا البشرية المتراكمة في قواعد بيانات REACTOME و KEGG

RxnFinder عبارة عن محركات بحث عن تفاعل كيميائي حيوي باستخدام الهياكل الجزيئية والشظايا الجزيئية وتشابه التفاعل

نظام تحليل المسارات البيوكيميائية - حركيات التفاعل هو تطبيق قائم على الويب يعتمد على قاعدة بيانات SABIO العلائقية التي تحتوي على معلومات حول التفاعلات الكيميائية الحيوية ومعادلاتها الحركية مع معلماتها والظروف التجريبية التي تم بموجبها قياس هذه المعلمات

SAGA هي أداة مطابقة للرسم البياني الفرعي للرسوم البيانية البيولوجية

قاعدة بيانات الربط البديلة الاصطناعية لتحديد الشكل الإسوي الجديد من البروتينات

SASD هي قاعدة بيانات الربط البديلة الاصطناعية لتحديد الشكل الإسوي الجديد من البروتينات

يوفر SB-KOM تكامل معلومات المسار باستخدام BioPax

مشروع الترميز الرسومي لبيولوجيا الأنظمة (SBGN) هو محاولة لتوحيد الرموز الرسومية المستخدمة في خرائط العمليات البيولوجية

تعد قاعدة معارف البيولوجيا الهيكلية بوابة لتراكيب وتسلسلات ووظائف وأساليب البروتين

لغة ترميز بيولوجيا الأنظمة (SBML) هي تنسيق يمكن قراءته بواسطة الكمبيوتر لتمثيل نماذج العمليات البيولوجية

SBML-Bridge هي أداة تحويل مسار XML

SciMiner عبارة عن أداة لتعدين الأدب الطبي الحيوي القائم على القاموس والقواعد وأداة لتحليل الإثراء الوظيفي

SIDEKICK عبارة عن تحليلات تعتمد على البيانات الجينومية هي وإطار صنع القرار

مورد معلومات وراثي متكامل للسكتة الدماغية البشرية

يسمح SignaLink بإجراء تحليلات على مستوى النظام باستخدام شبكة مسارات الإشارات الرئيسية داخل الخلايا

Signalogs هو تحديد قائم على تقويم العظام لمكونات مسار الإشارات الجديدة في ثلاثة metazoans

SignS هي أداة ويب لاختيار الجينات وإيجاد التوقيع في المشكلات التي يكون فيها المتغير التابع هو بقاء المريض أو ، بشكل عام ، متغير خاضع للرقابة الصحيحة

يوفر SimBiology¬ أدوات رسومية وبرمجية لبيولوجيا الأنظمة الحسابية وحركية الدواء

SIPPER هي طريقة مرنة لدمج البيانات غير المتجانسة في شبكة التمثيل الغذائي

يعرض SMART المجالات في سياق الجينومات والشبكات

قاعدة بيانات مسار الجزيئات الصغيرة (SMPDB) عبارة عن قاعدة بيانات تفاعلية ومرئية تحتوي على أكثر من 350 مسارًا لجزيئات صغيرة موجودة في البشر

SNPranker هي أداة تنقيب عن البيانات تتمحور حول الجينات للأمراض المرتبطة بتحديد أولويات SNP في GWAS

SOURCE هي أداة توحيد تجمع وتجمع البيانات بشكل ديناميكي من العديد من قواعد البيانات العلمية ، وبالتالي تحاول تغليف الجينات والبيولوجيا الجزيئية للجينات من جينومات Homo sapiens و Mus musculus و Rattus norvegicus في سهولة التنقل بين تقارير الجين

SPARQLGraph هي منصة قائمة على الويب للاستعلام عن قواعد بيانات الويب الدلالية البيولوجية بيانياً

محرك المعرفة المتكامل بمسار الإشارات عبارة عن بيئة برمجية تفاعلية تعرض بشكل بياني شبكات الإشارات البيولوجية ، وتسمح بالتخطيط والتنقل الديناميكي عبر هذه الشبكات ، وتمكّن من تراكب المصفوفة الدقيقة للحمض النووي وغيرها من بيانات الجينوميات الوظيفية على خرائط التفاعل

SPIRE هي بيئة بحثية منهجية لاستقصاء البروتين

ستقوم StarBase بفك تشفير شبكات تفاعل miRNA-ceRNA و miRNA-ncRNA وشبكات تفاعل البروتين-الحمض النووي الريبي من بيانات CLIP-Seq واسعة النطاق

STITCH هي قاعدة بيانات شبكة تفاعل للجزيئات والبروتينات الصغيرة

STRING هو عرض عالمي للبروتينات وتفاعلاتها الوظيفية في 630 كائنًا حيًا

SuperTarget هو مورد للتفاعلات مع الأدوية المستهدفة

تم تصميم Systems Biology Linker لتصور ملفات بيانات المسار بتنسيق BioPAX ، مثل الاستيراد من Reactome وتحويل ملف BioPAX إلى ملف SBML

SZGR هو مورد جيني شامل لمرض الفصام

يركز T1DBase على مجالين بحثيين في مرض السكري من النوع 1 (T1D) وعلم الوراثة لقابلية T1D وبيولوجيا خلية بيتا

T2D-Db هي قاعدة بيانات لجميع العوامل الجزيئية التي تم الإبلاغ عن مشاركتها في التسبب في مرض السكري من النوع 2 في الإنسان والفأر والجرذان

T2D @ ZJU هي قاعدة معرفية تدمج الوصلات غير المتجانسة المرتبطة بداء السكري من النوع 2

T2DM-GeneMiner هو مصدر ويب لتحليل الجينات فيما يتعلق بداء السكري من النوع 2

تعد Taverna Workbench أداة مفتوحة المصدر لتصميم وتنفيذ مهام سير العمل التي تم إنشاؤها بواسطة مشروع myGrid

يوفر TcoF-DB نقطة انطلاق شاملة للتحقيقات في تنظيم النسخ التي تتضمن مثبطات مضخة البروتون بين عوامل النسخ والعوامل المساعدة للنسخ والبروتينات الأخرى

TEAK هو إطار عمل لتحليل إثراء الطوبولوجي للكشف عن المسارات البيولوجية النشطة

The Cell Collective هو نهج مفتوح وتعاوني لبيولوجيا الأنظمة

علم الوجود في دورة الخلية هو علم الوجود التطبيقي الذي يلتقط تلقائيًا ويدمج المعرفة التفصيلية حول عملية دورة الخلية

TIM (أدوات نماذج الإدخال) هي أداة تدمج الكائنات البيولوجية والمعلومات حول نمذجة العملية البيولوجية

Toppgene Suite هي بوابة شاملة لتحليل إثراء قائمة الجينات وتحديد أولويات الجينات المرشحة بناءً على التعليقات التوضيحية الوظيفية وشبكة تفاعلات البروتين

يقدم برنامج TranscriptomeBrowser مجموعة جديدة من التفاعلات الجزيئية وأداة تصور جديدة لدراسة شبكات تنظيم الجينات

TransDomain هي طريقة تعتمد على المجال متعدية في التنبؤ بالتفاعل بين البروتين والبروتين

TRANSPATH هو مصدر معلومات لتخزين وتصور مسارات الإشارات وانحرافاتها المرضية

منصة tYNA للتفاعلات المقارنة هي أداة ويب لإدارة ومقارنة وتعدين شبكات متعددة

قاعدة بيانات UCD 2D-PAGE عبارة عن قاعدة بيانات ثنائية الأبعاد للرحلان الكهربائي للهلام متعدد الأكريلاميد

UCSC Genome Browser هو مصدر محدث لبيانات تسلسل الجينوم من مجموعة متنوعة من أنواع الفقاريات واللافقاريات والكائنات النموذجية الرئيسية ، متكاملة مع مجموعة كبيرة من التعليقات التوضيحية المتوافقة

بوابة إشارات UCSD-Nature

تعد بوابة إشارات UCSD-Nature مصدرًا شاملاً وحديثًا لأي شخص مهتم بنقل الإشارة

توفر قاعدة بيانات Unified Human Interactome للباحثين منصة شاملة للاستعلام عن بيانات تفاعل البروتين البشري والوصول إليها (PPI)

قاعدة المعرفة UniProt هي المحور المركزي لجمع المعلومات الوظيفية عن البروتينات ، مع شرح توضيحي دقيق ومتسق وغني

يتيح تصور وتحليل الشبكات التي تحتوي على بيانات تجريبية إمكانية تحميل الرسوم البيانية وتحريرها ، والتي قد تمثل مسارات بيولوجية أو تسلسلات هرمية وظيفية

varSelRF عبارة عن حزمة R لاختيار الجينات وتصنيفها باستخدام الغابة العشوائية

يعمل VeryGene كقاعدة معرفة للجينات الخاصة بالأنسجة وأداة اكتشاف لتوليد فرضيات قابلة للاختبار للبحث الأساسي والسريري

مستكشف المسار الظاهري هو تطبيق cytoscape ، والذي يدمج بيانات _omics مع البيانات التفاعلية

VirHostNet (Virus-Host Network) هو نظام قاعدة معرفة مخصص للتنظيم والتكامل وإدارة وتحليل شبكات التفاعل الجزيئي للمضيف (البروتين والبروتين بشكل أساسي) بالإضافة إلى شرحها الوظيفي (الوظائف الجزيئية ، المسارات الخلوية ، مجالات البروتين)

VisANT هي أداة تحليل بصري تكاملية للشبكات والمسارات البيولوجية

VisHiC هو خادم ويب عام لتجميع وتفسير بيانات التعبير الجيني

فورونتو هو مصمم خرائط لبيانات التعبير للأنطولوجيات

WAVe هو تحليل ويب للمتغير

Web Apollo عبارة عن منصة لتحرير التعليقات التوضيحية الجينومية على شبكة الإنترنت

WhatGenes هي أداة بناء مجموعة جينات تفاعلية قائمة على الويب تقدم واجهة بسيطة للغاية لاستخراج قوائم الجينات المحدثة دائمًا من قواعد بيانات متعددة ومصادر بيانات بيولوجية غير منظمة

خادم ويب لتفاعلات البروتينات البشرية المشروحة للمساعدة في اكتشاف وظيفة البروتين

WikiCell هي عبارة عن منصة موارد موحدة لبحوث النسخ البشرية

WikiPathways عبارة عن منصة عامة مفتوحة مخصصة لرعاية المسارات البيولوجية من قبل المجتمع العلمي ومن أجله

WIM (Web Interfac للنمذجة) هي أداة تدمج الكائنات البيولوجية والمعلومات حول نمذجة العمليات البيولوجية

WormBase هو مستودع بيانات مركزي لبيولوجيا الديدان الخيطية

YMDB هي قاعدة بيانات الخميرة أيض

تمثل yOWL المعرفة الموجودة في قاعدة بيانات Saccharomyces Genomes باستخدام OWL (لغة أنطولوجيا الويب).


أمثلة على الدورة البيوجيوكيميائية

دورة المياه

الدورة البيوجيوكيميائية للمياه ، أو الدورة الهيدرولوجية يصف الطريقة التي يستخدمها الماء (ثاني أكسيد الهيدروجين أو H.2O) يتم تعميمها وإعادة تدويرها في جميع أنحاء أنظمة الأرض.

تحتاج جميع الكائنات الحية ، بدون استثناء ، إلى الماء للبقاء والنمو ، مما يجعله أحد أهم المواد على وجه الأرض. يتم استخدامه في الكائنات الحية المعقدة لإذابة الفيتامينات والمغذيات المعدنية. ثم يتم استخدامه لنقل هذه المواد ، وكذلك الهرمونات والأجسام المضادة والأكسجين والمواد الأخرى داخل وخارج الجسم. كما أنه يساعد في التفاعلات الأنزيمية والكيميائية اللازمة لعملية التمثيل الغذائي ، ويستخدم لتنظيم درجة الحرارة.

على المستوى الجغرافي ، فإن الدورة البيوجيوكيميائية للمياه هي المسؤولة عن أنماط الطقس. تؤثر درجة حرارة وكمية وحركة المياه على جميع أنظمة الطقس. بما أن الماء بأشكاله المختلفة (بخار ، سائل ، جليدي) يتفاعل مع محيطه ، فإنه يغير درجة حرارة وضغط الغلاف الجوي ، ويخلق الرياح والأمطار والتيارات ، وهو مسؤول عن تغيير بنية الأرض والصخور من خلال التجوية.

على الرغم من عدم وجود بداية حقيقية لدورة المياه ، يتم تخزين 97٪ من مياه العالم داخل المحيطات ، لذلك هنا مكان منطقي للبدء.

من مياه المحيط ، تتجمد نسبة صغيرة جدًا عند وصولها إلى القطبين ، ويتم تخزينها كجليد داخل الأنهار الجليدية.

يتم تسخين بعض المياه السطحية بواسطة الشمس ، و تبخر يحدث. في هذه العملية ، يتم تحويل الماء السائل إلى بخار الماء ويتم تناوله في الغلاف الجوي. عندما يرتفع الماء ، يبرد و تركيز يحدث. ينتج عن هذا الماء المخزن في الغلاف الجوي على شكل غيوم.

عندما تتحرك الغيوم حول الغلاف الجوي للأرض فإنها تتصادم وتنمو. في النهاية تنمو قطرات الماء بشكل كبير بما يكفي بحيث تكون ثقيلة بما يكفي لتقع ترسب (المطر) أو على شكل ثلج ، حسب الظروف البيئية.

يتم تخزين معظم الثلوج التي تتساقط على شكل أغطية جليدية ، أو تذوب لتكوين تيارات وأنهار.

تتأثر بعض المياه التي تصل إلى الأرض بالجاذبية وتتدفق مرة أخرى إلى المحيط عبرها الجريان السطحي. علاوة على ذلك ، فإن بعض هذه المياه تنضم إلى مجاري المياه العذبة والأنهار ، والتي تؤدي في النهاية إلى المحيطات ، أو قد يتم تخزينها داخل البحيرات والخزانات. يمكن للحيوانات أن تستهلك هذه المياه العذبة ، والتي تدور المياه في أجسامها.

تتسرب الكثير من المياه التي سقطت على شكل مطر إلى الأرض من خلالها تسرب. هنا إما أن يتسلل إلى عمق الصخر ، ويشكل مخازن ضخمة تسمى طبقات المياه الجوفية أو يظل قريبًا نسبيًا من السطح مثل تدفق المياه الجوفية.

يتم امتصاص المياه الجوفية من جذور النباتات واستخدامها البناء الضوئي. ثم يتم إطلاق الماء في الغلاف الجوي من خلال التبخر أو تستهلك عند أكل النباتات.

تنبثق بعض المياه الجوفية من الينابيع والمسطحات المائية السطحية ، وتشق طريقها في النهاية إلى المحيط.

دورة الكربون

كمكون رئيسي للمركبات البيولوجية ، يمكن العثور على الكربون في جميع الكائنات الحية ، وكذلك العديد من الكائنات غير الحية مثل المعادن والغلاف الجوي والمحيطات وداخل الأرض.

على الرغم من أن الكربون عنصر أساسي للحياة ، إلا أنه يرجع فقط إلى توازن معين بين مكونات الغلاف الجوي وظروفه التي تجعل الحياة ، كما نعرفها ، قادرة على الوجود. لذلك ، من المهم الحفاظ على التوازن بين كمية الكربون المخزنة في الأحواض والكمية المنبعثة من المصادر المختلفة.

على الرغم من أن جميع الدورات البيوجيوكيميائية للكربون مرتبطة ببعضها البعض ، إلا أنه من الأسهل تصنيفها باستخدام نظامين.

الدورات البيوجيوكيميائية الكربونية السريعة

في هذه الدورة ، كربون غير عضوي، الموجود في الغلاف الجوي على شكل ثاني أكسيد الكربون2، تم التقاطه بواسطة التغذية الذاتية. عادة ما تكون كائنات حية ضوئية مثل النباتات والبكتيريا والطحالب.

أثناء عملية التمثيل الضوئي ، يتم تحويل الكربون إلى مركبات العضوية مثل الجلوكوز الذي يتم تخزينه داخل أجسام هذه الكائنات الحية. يمكن تخزين هذا الكربون لمئات السنين داخل أجسام النباتات في مناطق مثل الغابات الاستوائية المطيرة.

عندما يتم استهلاك المركبات العضوية من قبل غيرية التغذية، يتم تمريرها من خلال الشبكة الغذائية، حيث يتم تقسيمها إلى مواد مفيدة باستخدام التنفس الخلوي. ينتج التنفس الخلوي ثاني أكسيد الكربون2، والذي يتم إطلاقه مرة أخرى في الغلاف الجوي.

المحيط هو ثاني أكبر بالوعة الكربون. بالإضافة إلى الكربون غير العضوي المذاب الذي يتم تخزينه في العمق ، تحتوي الطبقة السطحية على كميات كبيرة من الكربون المذاب الذي يتم تبادله بسرعة مع الغلاف الجوي.

الدورات البيوجيوكيميائية للكربون طويلة المدى

يحدث التخزين طويل الأمد للكربون على مدى آلاف أو ملايين السنين وهو مهم للحفاظ على مستويات الكربون في الغلاف الجوي مستقرة.

عندما يموت كائن حي ، يتحلل الكربون المخزن داخل جسمه إلى ثاني أكسيد الكربون2 والمواد العضوية الأخرى بها المحللات. بينما يتم إطلاق بعض هذا الكربون في الغلاف الجوي ، يظل جزء كبير منه محتجزًا داخل التربة. من خلال هذه العملية ، تصبح التربة خزانات رئيسية لتخزين الكربون.

أكبر بالوعة الكربون هو الغلاف الصخري (صخور الأرض). تم تخزين الكثير من كربون الأرض داخل الصخور عندما تكونت الأرض ، ومع ذلك ، يتم تدويره أيضًا بشكل مستمر من خلال الدورة الكيميائية الجيوكيميائية للغلاف الحيوي. كربونات الكالسيوم (CaCO3) ، التي تشكل أصداف الكائنات البحرية ، تشكل الحجر الجيري عندما تتجمع في قاع المحيط. هذا هو أحد أكبر خزانات الكربون في العالم.

يحتوي الوقود الأحفوري أيضًا على كميات هائلة من الكربون تتكون من بقايا النباتات والحيوانات التي عاشت منذ ملايين السنين. في ظل ظروف محددة ، تم ضغط الكربون الموجود داخل أجسامهم و "طهيه" لتكوين الهيدروكربونات. يوجد هذا اليوم في شكل النفط الخام والفحم والغاز الطبيعي.

التأثيرات البشرية على دورة الكربون البيوجيوكيميائية

للبشر تأثير كبير على الدوران الطبيعي للكربون في الغلاف الجوي وفي المحيطات.

يتم حرق الوقود الأحفوري ، الذي خزن كميات هائلة من الكربون لملايين السنين ، بمعدل سريع جدًا بحيث لا يمكن إعادته إلى مصارف الكربون. وبدلاً من ذلك يتم إطلاقه في الغلاف الجوي كثاني أكسيد الكربون والميثان (CO) الذي يمنع الحرارة من الهروب من الغلاف الجوي ، مما يؤدي إلى الاحتباس الحراري.

بالإضافة إلى ذلك ، من بين الممارسات التخريبية الأخرى ، تؤدي إزالة الغابات إلى إطلاق الكربون المخزن داخل المواد النباتية وتقليل عدد النباتات المتاحة لالتقاطه & # 8211 وهذا صحيح بشكل خاص في الغابات الاستوائية المطيرة ومستنقعات الخث.

يمكن أن يكون للتدخل غير الطبيعي مع هذه الدورة الكيميائية الحيوية الدقيقة من قبل البشر عواقب وخيمة على كوكبنا.


أنظمة بيولوجيا البذور: فك سر مصانع البذور البيوكيميائية للأمن الغذائي

تعمل البذور كمصانع كيميائية حيوية للتغذية والمعالجة والطاقة الحيوية والتخزين ذات الصلة بالجزيئات الحيوية المهمة وتعمل كنظام توصيل لنقل المعلومات الوراثية إلى الجيل التالي. لا يزال البحث المتعلق بتحديد النظام المعقد لتنظيم الجينات والمسارات المتعلقة ببيولوجيا البذور وتقسيم المغذيات في مرحلة الطفولة. لفهم هذه ، من المهم معرفة الجينات والمسارات (المسارات) المشاركة في استتباب الجزيئات الحيوية. في الماضي القريب مع ظهور وتطوير الأدوات الحديثة لعلم الجينوم والهندسة الوراثية ، يتم استخدام مناهج `` omics '' متعددة الطبقات ومنصات الإنتاجية العالية لتمييز الجينات والبروتينات المشاركة في مختلف مسارات التمثيل الغذائي والإشارات ولوائحها فهم الوراثة الجزيئية للتخليق الحيوي وتوازن الجزيئات الحيوية. يمكن أن يكون هذا ممكنًا من خلال استكشاف مناهج بيولوجيا الأنظمة عن طريق دمج بيانات omics لفهم تعقيد تطوير البذور وتقسيم المغذيات. يمكن استغلال هذه المعلومات لتحسين المواد الكيميائية المهمة بيولوجيًا لإنتاج المغذيات والمغذيات على نطاق واسع من خلال هندسة المسارات والتكنولوجيا الحيوية. تصف مقالة المراجعة هذه أدوات omics المختلفة والفروع الأخرى التي تم دمجها لبناء أكثر مجالات البحث جاذبية نحو إنشاء البذور كمصانع كيميائية حيوية لصحة الإنسان وتغذيته.

هذه معاينة لمحتوى الاشتراك ، والوصول عبر مؤسستك.


خرائط المسار البيوكيميائية

بعد النجاح الباهر للملصقين لأكثر من أربعة عقود ، وللنسخة الإلكترونية المستضافة على ExPASy لأكثر من 20 عامًا (1994-2016) ، أنشأت Roche نسخة إلكترونية جديدة من مسارات الكيمياء الحيوية.

هذا متاح مجانًا لجميع المهتمين مثل علماء الكيمياء الحيوية والخريجين وطلاب المرحلة الجامعية والمعلمين والتلاميذ ، ويسمح باستكشاف كليهما المسارات الأيضية و العمليات الخلوية والجزيئية.

تتيح المسارات البيوكيميائية الإلكترونية للمستخدم البحث في المخططات الجدارية بالكلمات الرئيسية ، وتعيين تأثيرات التركيز ، وتفعيل وظائف التصفية ، والتكبير في التفاصيل والعناصر التي تهمك.من خلال أداة تنقل بسيطة ، عملت النسخة الرقمية على تبسيط تجربة المستخدم وسهولة التنقل بشكل كبير.

للوصول إلى قاعدة بيانات ExPASy ENZYME من خلال الرسوم البيانية الجدارية ، ما عليك سوى استخدام وظيفة البحث "لتنشيط" الإنزيم الذي تبحث عنه. سيتم تقديم قائمة بجميع الإدخالات المتطابقة في مخطط الجدار "المسارات البيوكيميائية". انقر فوق اسم الإنزيم للانتقال إلى إدخال قاعدة بيانات ENZYME المقابل.

نسخة ورقية

تم توزيع أكثر من 700000 نسخة ورقية من المخططات الجدارية على الباحثين والطلاب في الطب وعلوم الحياة في جميع أنحاء العالم. ملصقات Pathway الكيمياء الحيوية متاحة للتنزيل / الطباعة: يرجى عدم إرسال بريد إلكتروني إلى موظفي ExPASy للاستفسار عن هذا الموضوع.


عرض جميع المسارات

يمكن تصنيف مسارات إشارات الخلايا بشكل عام إلى مجموعات بناءً على مجال علم الأحياء. هنا ، يمكنك استكشاف جميع المسارات المتاحة ، بما في ذلك تلك التي تندرج تحت مجموعة متنوعة من مجالات علم الأحياء - من تولد الأوعية وموت الخلايا المبرمج إلى بيولوجيا العظام ، والتمثيل الغذائي ، وعوامل النسخ ، وغيرها.

مسار إشارات AKT

AKT هو سيرين / ثريونين كيناز الذي يشارك في التوسط في الاستجابات البيولوجية المختلفة ، مثل تثبيط موت الخلايا المبرمج.

أنجيوبويتين- TIE2

أنجيوبويتين هي عائلة جديدة من روابط عامل النمو التي ترتبط بـ TIE2 / TEK RTK (مستقبلات التيروزين كيناز).

معالجة المستضد وعرضه بواسطة MHCs

معالجة وعرض المستضد هي العمليات التي تؤدي إلى ارتباط البروتينات بجزيئات معقد التوافق النسيجي الرئيسي (MHC) للتعرف عليها بواسطة الخلية التائية.

موت الخلايا المبرمج من خلال مستقبلات الموت

تحتوي بعض الخلايا على مستشعرات فريدة ، تسمى مستقبلات الموت (DRs) ، والتي تكتشف وجود إشارات الموت خارج الخلية وتشعل بسرعة آلية الاستماتة الذاتية للخلية.

مسار أبريل

في الاستجابات المناعية ، يعمل أبريل كمحفز مشترك لتكاثر الخلايا البائية والخلايا التائية ويدعم تبديل الفصل.

مسار تطور الخلايا البائية

في الاستجابات المناعية ، يعمل أبريل كمحفز مشترك لتكاثر الخلايا البائية والخلايا التائية ويدعم تبديل الفصل.

مجمع مستقبلات الخلايا البائية

يتكون معقد مستقبل الخلية B (BCR) عادةً من وحدة فرعية مرتبطة بمولد الضد تتكون من سلسلتين ثقيلتين Ig ، وسلاسل ضوئية Ig ، ووحدة فرعية للإشارة.

مسار BMP

بروتينات العظام المورفولوجية (BMPs) هي فئة فرعية كبيرة من عائلة عامل النمو المحول بيتا (TGF-beta).

مناعة السرطان

يحاول الجهاز المناعي تقييد نمو الورم ، ولكن في بعض الأحيان قد تفلت الخلايا السرطانية من هذا الضغط المناعي أو تخففه.

مسار CCR5 في الضامة

نوع مستقبلات الكيموكين C-C من النوع 5 (CCR5) هو عضو في الفئة الفرعية لمستقبلات الكيموكين لعائلة المستقبل المقترن بالبروتين G (GPCR).

نسب الخلايا التائية CD4 و CD8

تحتفظ كل خلية T ناضجة عمومًا بالتعبير عن جزيء المستقبل المشترك (CD4 أو CD8) الذي يحتوي على معقد التوافق النسيجي الرئيسي (MHC) - الذي يتطابق مع مستقبلات الخلايا التائية (TCR).

مسار موت الخلايا المبرمج الخلوي

موت الخلايا المبرمج هو عملية تحدث بشكل طبيعي يتم من خلالها توجيه الخلية إلى موت الخلية المبرمج.

موت الخلايا المبرمج بوساطة CTL

يتم إنتاج الخلايا الليمفاوية التائية السامة للخلايا (CTLs) ، والمعروفة أيضًا باسم الخلايا التائية القاتلة ، أثناء المناعة الخلوية المصممة لإزالة خلايا الجسم التي تظهر حاتمة غريبة.

مسار الإشارات CTLA4

يخفف مسار CTLA4 التحفيزي المشترك أو ينظم تنشيط الخلايا التائية. تم تصميم CTLA4 لإزالة خلايا الجسم التي تظهر حاتمة غريبة.

شبكة السيتوكين

تم تصنيف السيتوكينات على أساس استجاباتها البيولوجية إلى السيتوكينات المؤيدة أو المضادة للالتهابات ، اعتمادًا على تأثيرها على الخلايا المناعية.

مسار عائلة ErbB

تلعب عائلة ErbB من كينازات التيروزين للمستقبلات عبر الغشاء (RTKs) دورًا مهمًا أثناء نمو وتطور الأعضاء.

إشارات فاس

FAS (ويسمى أيضًا APO1 أو CD95) هو مجال موت يحتوي على عضو من عائلة مستقبلات عامل نخر الورم (TNF).

مسار FGF

يعد عامل نمو الأرومة الليفية المرتبط بالهيبارين (FGF) أحد أكثر العوامل تميزًا في تكوين الأوعية.

التصاق المحببات والتشبع

تم تحليل الالتصاق والتشبع للخلايا المحببة في الغالب في سياق البطانة غير اللمفاوية.

مسار جرانزيم

ينشط Granzyme A (GzmA) مسار موت الخلية المستقل عن كاسباس مع السمات المورفولوجية لموت الخلايا المبرمج.

GSK3 التشوير

GSK3 عبارة عن كيناز بروتين سيرين / ثريونين محفوظ بشكل كبير وموجود في جميع حقيقيات النوى.

تكون الدم من الخلايا الجذعية متعددة القدرات

يتم تصنيف الخلايا الجذعية المكونة للدم إلى أسلاف طويلة الأجل وقصيرة المدى ومتعددة القدرات ، بناءً على مدى قدراتها على التجديد الذاتي.

تكون الدم من الخلايا الجذعية متعددة القدرات

الخلايا الجذعية متعددة القدرات قادرة على تكوين جميع أنواع الأنسجة الممكنة الموجودة في البشر تقريبًا.

مسار ICos-ICosL في خلايا T-Helper

IL-2 هو سيتوكين يحفز نمو وتكاثر وتمايز الخلايا التائية والخلايا البائية والخلايا القاتلة الطبيعية والخلايا المناعية الأخرى.

التعبير الجيني IL-2 في الخلايا التائية النشطة والهادئة

IL-2 هو سيتوكين يحفز نمو وتكاثر وتمايز الخلايا التائية والخلايا البائية والخلايا القاتلة الطبيعية والخلايا المناعية الأخرى.

مسار IL-6

IL-6 هو سيتوكين متعدد الاتجاهات يؤثر على جهاز المناعة والعديد من الأحداث الفسيولوجية في مختلف الأعضاء.

مسار IL-10

IL-10 هو سيتوكين متعدد الاتجاهات له وظائف تنظيم مناعية مهمة وتؤثر أنشطته على العديد من أنواع الخلايا المناعية.

مسار IL-22

IL-22 هو عضو في عائلة السيتوكينات IL-10 وله تأثيرات متعددة على جهاز المناعة.

مسار الانترفيرون

الإنترفيرون عبارة عن سيتوكينات متعددة التوجه تشتهر بقدرتها على إحداث المقاومة الخلوية للعدوى الفيروسية.

مسار JAK / STAT

مسار JAK / STAT عبارة عن سلسلة إشارات تتضمن أدوارها المحفوظة تطوريًا تكاثر الخلايا وتكوين الدم.

مسار عائلة MAPK

تنتمي كينازات البروتين المنشط بالميتوجين (MAPKs) إلى عائلة كبيرة من كينازات بروتين السيرين / ثريونين المحفوظة في كائنات متنوعة مثل الخميرة والبشر.

Nanog في Mammalian ESC Pluripotency

NANOG هو عامل نسخ يتم نسخه في الخلايا الجذعية متعددة القدرات ويتم تنظيمه عند تمايز الخلايا.

P53- مسار موت الخلايا المبرمج بوساطة

بروتين الورم p53 هو عامل نسخ نووي ينظم التعبير عن مجموعة واسعة من الجينات المشاركة في موت الخلايا المبرمج ، أو توقف النمو ، أو الشيخوخة استجابةً للإجهاد السام الجيني أو الخلوي.

التسبب في التهاب المفاصل الروماتويدي

التهاب المفاصل الروماتويدي (RA) هو مرض مزمن متعدد المفاصل يصيب بشكل أساسي المفاصل الصغيرة في اليدين والقدمين.

تشوير PI3K في الخلايا الليمفاوية ب

ينظم الفوسفوينوزيتيد 3 كينازات (PI3Ks) العديد من العمليات البيولوجية ، بما في ذلك نمو الخلايا ، والتمايز ، والبقاء ، والانتشار ، والهجرة ، والتمثيل الغذائي.

مسار الترتيب

RANKL ومستقبلاته RANK هما المنظمان الرئيسيان لإعادة تشكيل العظام ، وهما ضروريان لتطوير وتفعيل ناقضات العظم.

RANK تشوير في Osteoclasts

يحث RANKL على تمايز الخلايا الأولية للخلايا الناضجة للعظم ويحفز وظيفة الارتشاف وبقاء ناقضات العظم الناضجة.

مسار TGF- بيتا

يلعب أعضاء عائلة بيتا عامل النمو المحول دورًا مهمًا في تطوير واستتباب وإصلاح معظم الأنسجة.

مسار التمايز THC

تُشتق الخلايا التائية المساعدة من النوع 1 (TH1) والنوع 2 (TH2) من الخلايا التائية المساعدة وتساعد خلايا الجهاز المناعي الفطري والتكيفي.

مسار إشارات TNF

عامل نخر الورم (TNF) هو سيتوكين متعدد الوظائف مؤيد للالتهابات وله تأثيرات على التمثيل الغذائي للدهون والتخثر ومقاومة الأنسولين والوظيفة البطانية.

مسار العائلة الفائقة TNF

تتكون عائلة عامل نخر الورم (TNF) من 19 عضوًا يرسلون إشارات من خلال 29 مستقبلًا من عائلة مستقبلات TNF (TNFR).

الهجرة عبر البطانة من الكريات البيض

يتضمن نقل بروتينات البلازما والمواد المذابة عبر البطانة طريقتين مختلفتين: تقاطعات عبر الخلايا ومحاطة بالخلية.

التأثيرات القاتلة للورم لخلايا الكبد القاتلة الطبيعية

يعد الكبد موقعًا رئيسيًا لتكوين ورم خبيث للأورام.

مسار TWEAK

TWEAK هو بروتين مرتبط بسطح الخلية ينتمي إلى عائلة عامل نخر الورم (TNF) وله أنشطة بيولوجية متعددة.

عائلة VEGF من الترابطات وتفاعلات المستقبلات

عامل النمو البطاني الوعائي (VEGF) هو مسار وراثي محفوظ للغاية تطور من أنظمة بسيطة إلى أنظمة معقدة.

مكتبة موارد الأجسام المضادة

قم بالوصول إلى مجموعة مستهدفة من ملاحظات التطبيق العلمية والأساليب ومخططات إشارات الخلايا.



تعليقات:

  1. Kezilkree

    أعتقد أنك لست على حق. أنا متأكد. يمكنني إثبات ذلك. اكتب في رئيس الوزراء.

  2. Voktilar

    أعتذر عن التدخل ... لدي موقف مشابه. اكتب هنا أو في PM.



اكتب رسالة